一、比较生产工艺流程图：
1、将验证人员与生产加工企业绘制的工艺流程图进行认真的比较，如果双方的工艺流程图一致，说明验证人员与生产加工企业在工艺上没有分歧。
2、如果双方的工艺流程图有差异时，要分析出现差异的原因：
⑴ 果蔬汁生产加工企业在实施危害分析时是否遗漏了某一工序或在修改操作后没有及时更改工艺流程图；
⑵ 验证人员在观察了解生产加工过程时是否遗漏了某一工序。
3、双方深入生产加工现场，对照每一工序，分析各自工艺流程图存在的差异，重新确定出准确的工艺流程图。
二、比较危害分析：
危害分析的比较主要是将果蔬汁生产加工企业所列的潜在危害及其危害的显著性、预防控制措施和确定的关键控制点与官方验证人员所进行的危害分析进行比较。
1、根据美国果蔬汁HACCP法规-21CFR Part120中120.7规定，生产加工果蔬汁企业进行危害分析时，必须制定书面的危害分析工作单。
2、将官方验证人员与生产加工企业确定的显著危害进行比较，当双方不一致时，官方验证人员和生产加工企业应查找不一致的原因。
⑴ 官方验证人员通过书面的危害分析或与企业人员的交谈可以帮助其找出存在差异的原因。
⑵ 结合有关法规、验证人员的工作经验和有关专家的经验找出危害分析存在差异的原因。
⑶ 在查找危害分析存在差异的原因时，还应对显著危害和非显著危害及其相应的控制措施加以区别，二者不能混淆。
三、危害分析不同产生的原因：
当果蔬汁生产加工企业与官方验证人员确定的关键控制点的数量或位置（工序）不同时，应分析产生不同的原因：
1、如果企业比验证人员确定的关键控制点数量多时：
⑴ 企业将一些与果蔬汁安全无关的危害列入显著危害并加以控制，在这一点上官方验证人员不必对其评价。但是企业如果认为将这些危害定为显著危害并加以控制也不是不可能的，但应向其说明这样的控制有可能增加生产成本等；
⑵ 官方验证人员通过与企业管理人员对一些非显著危害的比较分析，可以增加官方验证人员对生产加工过程的了解；
⑶ 当对企业确定的某一关键控制点认为不必要时，可以不考虑对这个关键控制点的危害进行控制，但验证人员应声明选择过多关键控制点会导致HACCP计划失去重点，加大对实施HACCP计划的负担；
⑷ 企业确定的过多的某一关键控制点并有充分理由时，官方验证人员应考虑是否需修改自己的危害分析，并确保收集支持企业观点的相关资料，以使检验检疫机构对企业所确定的关键控制点做出最终判定。
2、如果企业比验证人员确定的关键控制点的数量少，并有充分的理由说明时，验证人员应做出书面记录，并将记录随验证报告一同呈交检验检疫机构，以便检验检疫机构专家对此审查。
3、如果企业与验证人员确定的关键控制点的位置不同时，双方应找出原因并做好记录。验证人员将记录随验证报告一同呈交检验检疫机构，以便检验检疫机构专家对此审查。
4、美国果蔬汁HACCP法规-21 CFR Part 120中的120.7明确要求果蔬汁生产加工企业必须做出书面的危害分析工作单（这是与美国水产品HACCP法规-21 CFR Part 123要求不同的一点），验证人员在审查企业的危害分析和HACCP计划时应发现其有无不足之处，书面危害分析有助于审查HACCP计划；验证人员审查企业的书面危害分析时应注意其是否过时，是否与新的HACCP计划相符合。
