贮藏有田坑窖藏和蔗沟平窖两种方法。
1、田坑窖藏：选地势较高，土层深厚、土壤砂性且能回润、排水良好、避风向阳、离蔗田较近、便于管理的地方挖窖。窖深60～70厘米，宽100～130厘米，长依蔗种量多少而定。以窖藏1000公斤蔗种为宜。窖底要平，铺上一层细砂或松土。蔗种砍下后，连叶带鞘晒半天，然后按10～20根捆成一把，平放于窖内，堆到略高于窖面，再在蔗种上浇足干净水，盖上一层蔗叶，蔗叶面上覆盖泥土3～6厘米，成龟背形，蔗种尾梢露出～点，最后在蔗窖四周开好排水沟。
2、蔗沟平窖：利用留宿根蔗田行间，每隔一条蔗沟用锄清除杂草和铲平表土，就原蔗沟的深和宽稍加整理而成一蔗窖，窖深约25～30厘米，宽约33～35厘米，长度随蔗种多少或蔗沟长短而定。入窖时，将蔗种一层层平放，两堆蔗种梢顶略为交叉，堆到稍高出窖为止，上部堆成屋脊形。每放完一段，两端各留出30厘米左右的空隙，再第二、第三段依次下去。完后，段与段之间的空隙应填满细泥，使蔗种基部与泥土密接，保持一定湿度，防止“烧窖”。并在窖面上覆盖细土3～6厘米。四周畦沟稍加整理以利排水。
