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9-11月果树处于生长后期，随着果实的采收，有些病虫逐渐进入越冬休眠状态，但仍有一些病虫继续发生危害，对这些继续危害的病虫的综合防治仍不能放松。
防治果实病害果实采收前后及贮藏期也是果实病害的主要发生期，尤其是苹果轮纹病多在贮藏30天内发病。因此，采收时要注意避免碰压伤、枝划、刺伤等。
防治苹果树腐烂病苹果采收前后是腐烂病全年发生的第二个高峰，应注意抓紧检查及时刮治、消毒、保护。如可以采取树干涂药的方法防治。树干涂药不仅对减少和预防冬季出现新病斑有较好的效果，而且还有防止旧病复发的作用。
防治早期落叶病苹果褐斑病、灰斑病，梨黑腥病，葡萄褐斑病、白腐病，桃褐腐病等病菌的越冬场所是残枝落叶及杂草。因此，对正常或非正常落的叶子都要清理出园，并集中烧毁或深埋，以消灭越冬病虫。实行地面覆草的果园，可在秋施基肥或冬季深翻扩穴时，连同麦秸、稻草一同翻入沟中，上面覆土。
施肥翻耕秋季土壤深翻，可破坏土壤中各种害虫的巢穴，或将害虫卵、茧、蛹等翻到地表冻死、干死或被鸟类食掉，并可减少病害的浸染源。深翻一般在9月中旬至10月下旬。深翻的方法可采取全园深翻或局部深翻。全园深翻的翻土深度从定植点向外逐渐加深，树冠下部翻土深度以20厘米左右为宜，树冠外围翻土深度以30-60厘米为宜；局部深翻的从定植点到树冠外围滴水线的中部开始向外深翻，翻土深度以30-40厘米为宜。施肥深翻时，应结合施肥才能达到事半功倍的效果。一般每亩施用有机肥2500公斤左右、含30%有机质的有机复合肥200-400公斤、钙镁磷肥或过磷酸钙70-150公斤。土壤酸性强的果园，深翻前宜全园每亩施150公斤石灰。
排水防涝果园的土壤中含水量为17%左右时，果树能正常生长。若园地积水使土壤中含水量超过21.2%，常会导致土壤氧气缺乏，有害物质增多，影响果树根系的呼吸等生理活动，根系衰弱或果树坏死，枝梢生长不良，叶片发黄，甚至大量提前落叶，严重时整株坏死。可采取以下措施排水防涝：一是果园畦沟应做好浅沟开深、深沟清草等工作，以确保沟渠排水通畅，特别是桃、李、葡萄等果园更应做好开深沟排水工作；二是雨后加强叶面追肥，以利于树体恢复，雨止后应及时结合防治病虫喷叶面肥，可选用磷酸二氢钾、美施乐、绿芬威1号1000倍液等；三是如遇雨后骤晴，对受涝渍害影响较大的果树最好进行防强日晒工作，以防植株萎蔫死亡。
防治桃小食心虫果实采收时部分未脱果的桃小食心虫幼虫被带到了堆果场，因此，对堆果场加以处理，以消灭越冬虫茧，是减轻其翌年危害、防止传播蔓延的一项重要防治措施。方法：堆果前把堆果场整平压实，上铺一层细沙，在堆果场周围挖一小沟，并填上细沙（引诱桃小食心虫脱果幼虫作茧），然后堆放果实，待运走果实后，筛出虫茧集中消灭。