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韭菜主要病虫害是：迟眼蕈蚊、疫病、灰霉病。
一、迟眼蕈蚊
主要种类有韭菜迟眼蕈蚊、陆氏迟眼蕈蚊两种，以韭菜迟眼蕈蚊为主。
1、为害状
迟眼蕈蚊以幼虫为害，初孵幼虫多以鳞茎一侧渐向内蛀入鳞茎，也有从近地面白色嫩茎部位蛀入、向下至鳞茎内为害，被害鳞茎最后腐烂、干枯、植株死亡后，幼虫转株为害，幼虫老熟后在鳞茎内外化蛹。
2、生活史及习性
迟眼蕈蚊每年发生四代，以幼虫在韭菜鳞茎内或根周围3-4厘米表土层越冬（保护地终年繁殖），翌春3月下旬化蛹，持续到5月中旬。
各代成虫羽化期与幼虫出现期分别为：第一代4月中下旬、4月下旬至5月下旬；第二代6月上中旬、6月上旬至6月下旬；第三代7月上中旬、7月上旬至10月下旬；第四代10月中旬、10月下旬至来年。
卵集中产于土缝中，卵历期6-7天，幼虫喜湿怕干，适宜土壤含水量15-24%，土壤过湿过干对其孵化、羽化不利，成虫喜阴湿弱光环境，常聚集成群，有多次交尾多次产卵习性，有趋化性，对糖醋液趋性强。
3、防治方法、
成虫期和幼虫初孵期是防治迟眼蕈蚊的关键期。
成虫期防治：
⑴糖醋液诱杀成虫：0.5千克糖+1千克醋+7.5千克水+30克晶体敌百虫或20毫升乐果。方法：每亩韭菜田挖直径20厘米小坑15个，内铺塑料膜，倒入糖醋液，每天早晨清除诱杀成虫。
⑵熏蒸。触杀防幼虫：80%DDV100倍液、52.25%农地乐1800倍液、4.5%高效氯氰菊酯2000倍液、1.8%阿维菌素乳油5000倍液每亩30千克药液大田喷雾。
棚室用熏蒸剂、毒土隔垄撒施效果好（350千克农地乐乳油/亩）。
幼虫初孵期防治：
⑴生物农药灌根防治幼虫：0.3%齐螨素150毫升/亩或0.3%害虫灭4千克/亩。
⑵乐斯本灌根防治幼虫；乐斯本是美国陶氏益农公司生产，具有触杀、胃毒、熏蒸作用的新型有低残留有机磷杀虫剂，每亩用48%乐斯本乳油500毫升。
二、韭菜疫病和灰霉病
1、韭菜疫病和灰霉病发病情况比较
韭菜疫病：危害根茎叶，尤以假茎鳞茎受害最重。叶片受害初为暗绿色水渍状病斑，后叶片变黄软腐，茎、根部受害呈褐色软腐，潮湿时病部产生稀疏白色霉状物。病源属鞭毛菌亚门真菌。病菌在土壤病残体上越冬（温室韭菜可常年发生），为高温高湿性病害，适温25-32℃，危害高峰期7-8月份，温室韭菜12月份开始发病。
韭菜灰霉病：发病初期叶片上产生白色或灰褐色斑点，后扩大成棱形或椭圆形病斑，互相愈合后成大片枯死斑使叶片枯死。潮湿时枯叶表面密生灰色至灰褐色霉状物。病原属半知菌亚门真菌。病菌主要以菌核在土壤中病残体上越冬，借气流传播。为低温高湿性病害，15-21℃露地韭菜发病轻，保护地重，全年危害。
2、防治方法
农业防治法。
⑴选用抗病品种如优丰一号，平韭2号等。
⑵清洁田园，减少菌量。
⑶加强栽培管理，合理密植，提高抗病性，增施有机肥，促使韭菜健壮成长。
物理防治法
保护地放风降湿防灰霉。以下午放风2小时、早晨放风半小时最好。注意：⑴放风面积不要过大，一般掌握大棚面积的1/12-1/10。⑵通风量要根据韭菜长势，刚割过或外界温度低时通风量要小或早上放风时间推迟，棚温以25-28℃，相对湿度60-70%为宜。
化学防治法
防疫病在发病初期可用64%杀毒矾600倍液、69%安克锰锌或72%克露600倍效果好；防灰霉病可用50%速克灵1000倍液、78%科博600倍液效果好。