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水芹的生长可分为萌芽、幼苗、旺长、越冬、抽薹开花五个时期，前三个时期为营养生长期，后两个时期为生殖生长期。采用种茎催芽进行无性繁殖，但种茎必须经过抽薹开花才能使用。
1 选用优良品种
主栽品种：早熟白芹，叶柄和茎呈绿白色，生长快、采收早、纤维少、口感好，每667平方米产量4000～500Dkg；晚熟铁秆青，茎粗壮、实心、耐寒、抽薹晚，可采收到翌年4月下旬，每667平方米产量5000～7500kg。
2 关键栽培措施
①选址 选择具有独立灌排水系统、水源洁净及周边3km范围内无“三废”污染源的地方建立水芹种植基地。
②催芽 早芹在8月中下旬，晚芹在9月上中旬，从留种田中收割种茎，选择茎秆粗0.8～1.0cm，上下粗细一致，节间紧密，腋芽较多而充实，无病虫害的成熟茎秆作为种株。种株梢部(生长点)的腋芽为弱势芽，在催芽前应切除。再把种株理整齐，打成直径20cm小捆，每捆用绳扎2～3道，交叉堆放在通风凉爽的地方，高度以1.0～1.5m为宜。种堆的周围和上面用稻草覆盖保湿，夜晚将覆盖物揭去以便通风。昼覆夜揭，每天上午8时和下午4～5时各用凉水将种堆浇透一次，使之保持自然温度，不发热，经7～10天的堆放，种株腋芽开始萌动，生出短根，即可将种株排到田里。
③整田 催芽的同时整田。大田经深翻后，每667平方米施腐熟鹌鹑粪400Okg，另加复合肥30～50kg、过磷酸钙50kg。为防止土壤溶液过酸，可每667平方米施生石灰75～100kg，调节酸碱度，同时能增加钙肥，提高植株的抗病能力，减少黑心病的发生。排种前3天，将大田耙平，田面高低差不超过2cm，以便苗期灌水。田的四周开小围沟，便于排灌，并有独立的灌排水系统。同时每667平方米用15%精稳杀得乳油50ml防除大田杂草。
④排种 在下午阳光减弱后进行排种，选用田边齐排、田中撒排法，即在田的四周沿着围沟将种株与围沟垂直，基部向田外，梢头向田里。种株间的距离3～4cm，整齐排成一圈。田里其余部分采用撒放，一边撒，一边用竹竿等将密度大的地方的种株挑到密度小的地方，便会田种株分布均匀。同时将翘出地面的种株按平，以利幼苗扎根。一般每667平方米种株用量800～1000kg。
⑤定植 排种后1月左右，幼苗已长成独立的个体，这时种株老茎已腐烂，可在原地将苗栽入土中。
⑥田间管理
a.水分管理。水芹排种后田间保持薄水层，以种株靠泥的半边浸没于水中、向上的半边暴露在空气中力最佳。排种8～10天后，适当排水搁田1～2天，促进根系扎深，固定幼苗。扎根后，逐步加深水层到3～4cm，促其快长。整个旺长期一般保持水层8～10cm。越冬期，当温度降至0℃时，为了防冻，应提高水层到15～20cm。
b.肥料管理。以基肥为主，适当追肥。第一次追肥为排种后15天，每667平方米施尿素5kg；第二次追肥为第一次追肥后15天左右，每667平方米施复合肥15kg；第三次追肥可视长势而定，对长势弱的田块可适当补肥。
⑦防病治虫 为害水芹的主要害虫有蚜虫，主要病害有斑枯病和锈病。蚜虫可用吡虫啉50g/667平方米，对水喷雾，7～10天一次；斑枯病可用65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液等杀菌剂交替使用，7～10天一次，连续防治2～3次；锈病可用15%三唑酮可湿性粉剂(粉锈宁)3000倍液加70%代森锰锌1000倍液混合防治，7～10天一次，连续2～3次。
⑧留种 选择性状优良、株高适中、茎秆粗壮、节间较短、腋芽较多且健壮、根系旺盛、无虫、无病的植株作种株，同时做好留种田管理，确保种株健壮、无病虫害。