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1、烧苗
因配制苗床营养土过程中施化肥过多、粪肥未腐熟或苗床温度过高而致。瓜芽出土前发生烧苗，瓜芽呈蒜瓣状，上小下大，无主根或无根毛，主根表面呈锈黄色。瓜芽出土后发生烧苗，子叶呈缺水状，小且浓绿，有萎蔫或新生真叶黄白，呈黄心苗。防止苗床烧苗首先要控制苗床少施化学肥料，不施未腐熟粪肥，最好用“康地蕾得”拌土，一般每平方苗床拌0.5-1.5千克。其次，在烧苗的苗床要勤浇水，严重时还要换土和遮荫。
2、瓜苗生长点受阻
主要原因有：(1)肥害或药害。刚出土的瓜苗，生长点较幼嫩，此时，如果叶面喷药或喷肥的浓度偏高或喷洒量过大，极容易使生长点造成药害而停止生长。(2)低温障碍和高温障碍。幼苗遇到不良天气时，造成苗床温度过低，易受到冻害，生长点往往会被冻死而缺失；幼苗遇到晴朗天气时，午后太阳直射苗床，使畦内温度过高，尤其在苗床湿度较小的情况下，生长点易灼烧，甚至幼嫩的叶片易失水，干裂，严重时死亡。特别是靠近棚膜的叶片，症状更为严重，俗称烤苗。防止低温障碍首先要提高苗床土温和棚室温度；防止烤苗的措施主要是苗床要及时浇水保湿，在晴天的中午要及时通风，降低棚室和苗床温度，白天保持25℃左右，夜间15-18℃，同时也要注意避免幼嫩的小苗突然见到强烈的光照。造成瓜苗生长点受阻是属生理性病害。除人工措施防治外，还应结合化学药剂防治，发现症状初期，应及时喷洒“凯普克”300倍液，这样能调节整棵瓜苗生理新陈代谢，有利于促进瓜苗细胞分裂和根系发育，提高了瓜苗生理活性，促进生长点正常发育。
3、徒长苗
也称“高脚苗”，表现下胚轴细长，叶柄长，叶片小，叶色淡，苗长势细弱。主要原因是育苗时苗床不敢通风或通风不及时，尤其是在幼苗吐心前不注意通风降温，苗床高温高湿所致。因此，在苗床管理过程中，通风降温、降湿一定要及时。
4、苗床瓜苗易倒折
这主要是苗床猝倒病危害。主要原因苗床土温低、湿度大，光照不足，阴雨、阴雪，通风不良等不利于瓜苗的生长，而利于猝倒病菌的生长与繁殖造成的。因此，不能用冷水浇泼苗床，注意提高土壤温度，通风降湿，增强幼苗的抗病能力是预防猝倒病发生的有力措施。
还要结合化学药剂防治，一旦有猝倒病发生，要立即用药剂“百泰”1200倍液进行防治，阻止病害蔓延。