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番茄较耐寒，一般经浸种催芽后都能出苗。但有时播后温度较低，苗畦内较冷，种子可能暂时不出芽，待天气好转后仍能发芽。不发芽现象主要是长期低温，或播种时苗畦过干，没浇透水，喷水不足，水分被下部干土吸掉，形成“搁干”现象。一般播后7-8天不发芽就应找原因进行及时补救。
冻害
主要是番茄幼苗受到0℃以下低温影响，引起局部干枯或死亡现象。预防办法：1.留意天气预报，冷空气来时，晚上在小拱棚上加盖稻草防寒保温，白天揭开稻草利于透光升温。2.培育壮苗和炼苗。
闪苗
“闪苗”是由于环境条件突然改变而造成的叶片凋萎、干枯现象。这种现象在整个苗期都可发生。避免“闪苗”首先要培育壮苗，幼苗经常通风，叶片厚实、浓绿，一般不会出现“闪苗”现象。如果幼苗出现凋萎，要立即把覆盖物盖好，短时凋萎还能恢复，这样反复揭盖几次使幼苗适应露地气候，再撤覆盖物。
幼苗猝倒或死亡
番茄在育苗过程中经常出现猝倒或死亡现象，发病多在小苗2~3片真叶时。引起幼苗腐烂和死亡的有早疫病、灰霉病和菌核病等，虫咬断死亡的是地老虎危害。预防办法：1.播种前将适量百菌清或瑞毒霉等杀菌剂和米乐尔或乐斯本杀虫剂施于苗畦或营养土中；2.保持畦内适度干燥。畦面半干半湿，空气湿度较低，幼苗不徒长，根系发达，一般不会死苗和倒苗。