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1、持续高温。在出菇前期，菇棚温度达到20℃以上，致使菇床水分蒸发和菇体新陈代谢加快，水分及营养供应不上，再加上通气不良等，可导致小菇蕾因缺乏营养和水分而枯萎死亡。
出菇期应密切注意天气变化，根据气温调控棚温，加温通风换气，严防棚内出现高温。
2、通风不良。菇棚长期通风不良，氧气不足，二氧化碳浓度过大（大于0.1%），子实体发育的代谢热不能迅速排除，从而影响子实体的正常发育，造成部分幼菇死亡。如再遇高温，死菇就更为严重。
注意通风换气，每天2~3次，气温高时应在早晚或夜间进行通风。
3、营养不足。（1）培养料中草料多而粪料少，致使氮源不足，碳氮比失去平衡，造成营养不足而死菇。（2）薄料广种，培养料厚度不足10厘米，在出菇后期会因营养不足而造成死菇。（3）培养料堆制过熟或不足。堆制时间过长、温度过高（70℃以上）消耗养分；堆制时间不足、料温未达到60℃，培养料得不到充分分解转化，均可造成营养不足而死菇。
在配制培养料时，要严格按要求进行准备，使碳氮比达到28~30:1，并认真做好培养料的堆制。
4、喷水不当。覆土层没有及时补水；出菇水或保菇水喷施过量；高温喷水过多，菇棚湿度达95%以上，氧气不足，均可使菇蕾死亡。
出菇阶段，白色子实体米粒大小时，喷水一定要轻，量要少，雾滴要细，严防渗入料内。当子实体长到黄豆大小时，稍微加大喷水量和喷水次数。每次喷水后应立即进行室内风循环，避免喷施关门水。
5、出菇过密且部位过高。第一、二潮菇出菇过密，在采菇时由于震动或机械损伤，会使部分小菇死亡。出菇前若菌丝生长太快，易形成高位菇，在土表形成过密的子实体，由于营养不良和喷水的冲击，也会使部分小菇死亡。
覆土后应调控温度，保持土层适宜湿度，促进菌丝向覆土层生长，并使其由营养生长转向生殖生长，子实体形成部位在粗土层与细土层之间，防止过低或过高。
6、菌丝老化。菌种繁殖代数过多或菌种制作温度过高、保存不当和保存时间过长，均可造成菌丝退化衰老，生活力下降，菌丝体内养分积累不足而导致菇蕾萎缩死亡。
应选择优质菌种，创造适宜菌丝生长发育条件，室内清洁卫生、空气新鲜，及时淘汰被污染的菌种，严防高温培养，菌种不宜长时间保存。
7、酸碱度不适。菌丝生长适宜PH值为6.0~8.0。在出菇期间，覆土层和施用水的PH值在5.0以下、9.0以上都会造成菇蕾死亡。
培制培养料和覆土应按要求进行，喷射时应先测试培养料和覆土的酸碱度，根据测试结果确定喷水的酸碱度，防止过高或过低。
8、病虫为害。常见病害有锈斑病、干腐病，虫害有红蜘蛛、粪蝇等，在生产上要区别对待因病虫害而引起的死菇现象。防止病虫害过量施用农药也会造成死菇。
在管理上坚持"以防为主，药剂为辅"的综合防治原则，彻底清除菇棚存在的病源和虫源，防止病虫随培养料带进菇床，消灭覆土内的病原菌及线虫等，创造适宜蘑菇生长的环境条件，避免病虫害发生。病虫害发生后要及时清除病菇、死菇，并采取药物进行防止，以防扩大蔓延。