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苹果在贮藏期间会发生许多贮藏性病害，按发生病害的起源不同可分为真菌病害和生理病害两大类。前者是由于采前微生物潜伏侵染或采后伤口侵染引起的，后者则是由于生长、贮藏条件不适或缺乏某种矿物质引起的，这些都是影响苹果贮藏期的重要因素。有效地防治这两类病害，对苹果的保鲜和增值具有重要意义。
1.真菌病害
苹果在生长期有真菌病害侵入，采摘时尚未表现出症状，带有病菌的果实，在贮藏期会逐渐表现出典型危害症状。这类病害一般在贮藏30天内陆续出现，主要有轮纹病、炭疽病、青霉病和霉腐病。因这几种病害在果实生长发育期会大量发生，因此除在生长期要加强防治外，在采收入库前还要严格选果，防止病虫果入库。
（1）轮纹病 ①症状。以苹果皮孔为中心生成水渍状褐色小斑点，很快形成同心轮纹，并向四周扩展，病斑呈淡褐色或褐色，并有茶褐色粘液溢出，烂果不凹陷，果形不变，有酒糟味，后期病部生黑色粒点。②防治。用于贮藏的果实要严格剔除病果及其他损伤的果实，贮藏环境的温度以1℃～2℃为好，可减轻贮藏期间轮纹病的发生。
（2）炭疽病 ①症状。果实发病初期，在果面上出现淡褐色圆形小病斑，病斑迅速扩大，呈现褐色或深褐色，并由果皮向果实内部呈漏斗状腐烂，果肉变褐色，有轻微苦味；随着病斑的扩大，病部果面凹陷，并生出黑色呈同心轮纹状排列的小粒点。②防治。贮藏前用50%的甲基托布津500倍～1000倍液或25%多菌灵500倍～1000倍液浸果，可有效地减少苹果炭疽病的发生。
（3）青霉病 ①症状受害部位腐烂，呈淡褐色，略有臭味，患病部中央是白色，后呈青绿色。一般苹果均有发生此病的可能，特别是机械损伤的果实更易发生。致病菌主要经伤口侵入，病果和健果接触，菌丝可侵入健果。病菌产生果胶酶和毒素，很快使果肉软腐，病菌在0℃条件下仍能缓慢生长，塑料袋袋装果发生较多。②防治。在采摘、分级、搬运、贮藏过程中，避免碰伤、刺伤、挤压伤，对伤果要捡出；青霉病入贮前2周，每10立方米果库、果箱容积用100g～200g硫磺熏蒸，或者对其喷洒50%福尔马林500倍液进行消毒；也可在贮藏果实时用5×10E6～10E-3莱本特或托布津或多菌灵药液浸泡；贮藏温度尽量保持在1℃～2℃，并经常清除病果。
（4）霉腐病 ①症状。果实从心室开始受害，并逐渐向外扩展霉烂。病果果心变褐，充满灰色或粉红色霉状物。当果心霉烂严重时，果实梗部可见水渍状的不规则湿腐斑块，并彼此相联，最后全果腐烂，果肉变苦。②防治。早春芽前全树喷施1°Be′～3°Be′的石硫合剂，花前花后喷施几次杀菌剂，对苹果霉腐病均有较好的防治作用；贮藏期温度保持在0.5℃～1℃，相对湿度在90%左右，可防止苹果霉腐病的扩展蔓延。
2.生理病害
苹果贮藏时的生理病害主要有苹果苦痘病、虎皮病、衰老褐变病等，该类病害的发生与果实的采收时期关系密切，适期采收是防治该类病害的重要措施之一。
（1）苦痘病 又称苦陷病，是苹果成熟期及贮藏期常发生的一种生理病害。①症状。病果皮下果肉首先变褐，干缩成海绵状，逐渐在果面上出现圆形稍凹陷的变色斑，病斑在黄色或绿色品种上为暗绿色，在红色品种上为暗红色。病斑接近圆形，四周有深红色和黄绿色晕圈，随后病部干缩下陷，变成暗褐色。病斑直径一般为2mm～4mm，也有大至10mm的。剖开病部，可见皮下的坏死果肉组织呈半圆形或圆锥形，深度为2mm～3mm或更深，坏死组织也可见于果肉深处，食之有苦味。贮藏后期，病部因腐生菌为害而变色腐烂。②防治。应多施有机肥，防止偏施氮肥，注意雨季及时排水。另外，要合理灌水。常年病重的果园，可在果实生长中、后期喷洒70%氯化钙150倍液，每间隔20天喷1次，共喷3次～4次。气温高时，为防止氯化钙灼伤叶片，可改喷硝酸钙。
（2）虎皮病 又名褐烫病、烫伤病。它是苹果贮藏后期常见的一种生理病害，许多苹果品种都易感染此病。虎皮病的发生、蔓延与贮藏环境的气体成分有关，一旦发生就表现出整库受害。因此对虎皮病要引起重视，及早进行防治。①症状。其特点为果皮呈晕状不规则褐变。发病初期，果皮变为淡黄色，果面平坦或果点周围略有突起，或呈不规则斑块，以后颜色逐渐变深，呈褐色或暗褐色，病部微凹陷。一般仅限于果皮表面，果皮下六七层细胞变为褐色，不深入果肉。背阴部发病较多。病重果的果肉发绵，略带酒味，病部果皮可成片撕下，病果易受病原菌侵染腐烂。通常果实先从未着色部位发病，逐步扩展。②防治。适当提高采收成熟度，选择着色好的果实贮藏；利用气调贮藏，加强库内通风换气，保持贮藏器皿内体积分数为2%～3%（富士苹果不能超过2%）的二氧化碳，控制库温在0℃左右；用矿物油纸单独包裹；加强库内通风换气，经常检查，一旦发现有发生虎皮病的苗头，要及时出库销售；用质量分数为0.25%～0.35%、温度为25℃的乙氧基喹液浸泡果实，或用每张含1.5mg～2mg的二苯胺包果纸包装均具有很好的防病效果。
（3）衰老褐变病 根据其发病原因分为衰老褐变、低温伤害和二氧化碳伤害。
衰老褐变。①症状。由症状看，一种是果肉粉绵、变软，内部变成干而易碎的粉质状，后期变成褐色，果皮及外部果肉破裂；另一种是果肉褐变，果肉变为浅褐色，受病部分界限不明显，果肉不变粉绵且果皮不破裂。衰老褐变病是苹果过熟老化的一个象征，凡是促进苹果成熟的因素均可加速此病的发生。②防治。通过控制贮藏温度与湿度，采后用质量分数为2%～4%的氯化钙液浸泡果实10min，可起到良好的防病作用。
低温伤害。①症状。苹果贮温过低而引起的冻结也会降低果实硬度和缩短贮藏寿命。高浓度二氧化碳和高湿度都会加重低温伤害。低温伤害与低温、时间两个因素有关，短期低温并不引起伤害。②防治。现防治此病的有效方法是控制贮藏温度，使其保持在2℃～4℃。
二氧化碳和缺氧伤害。①症状。二氧化碳伤害分为果实外部伤害和内部伤害两种。外部伤害发生在贮藏前期，病变组织界限分明，呈黄褐色，下陷起皱；内部伤害果肉、果心局部组织出现褪色小斑块，最后病变部分的果肉失水成干褐色空腔，食之味苦，整果风味变淡，并伴有轻微发酵味。二者相同处是受害果硬度均不减。缺氧伤害主要是果皮木栓化，果肉至果心组织坏死，并有浓烈的发酵味。②防治。通过严密监测贮藏环境气体组分变化，如维持氧体积分数为2%～3%、二氧化碳体积分数为3%～5%、受害果乙醇含量在1.20mg/100g以下、置于10℃～18℃的通风环境中，则大部分果实可复原。