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贮藏种子前，一定要精选良种，分级、挂牌后进行贮藏。若是干藏种，在冬贮期处于休眠状态，其呼吸作用尚未停止，勿用塑料袋包装贮藏以免种堆内空气与外界空气交换受到阻碍而影响呼吸，降低发芽率，甚至使种子发霉或返油变质，因此在贮藏过程中，注意种子要有良好通气条件；亦应注意种子本身的安全水分(含水量)，如充分阴(风)干后含水量基本相同，如带果核的李、杏、桃等种子其含水量在20％-24％之间，平均为22％，而海棠、苹果、梨等种子含水量在13％-16％之间，平均为14.5％。
在冬贮种子过程中，要防止种子骤冷骤热。应将种子贮藏在气温相对稳定，基本保持在0℃-8℃。另外还要注意贮藏中的湿度，应保持在50％-80％之间为安全。如不能采种后立即布种可趁湿采取湿砂层积处理贮藏法。层积种子按小粒河砂1：4，大粒河砂1：10的比例，在室内有效低温零下5℃最高温度不超过17℃，但以2℃-7℃为最适宜温度，相对湿度为40％-50％，一层种子一层砂子，先铺湿河砂(手握砂成团指缝不滴水)再铺放种子，厚度要均匀，每层各5厘米-6厘米，堆高1米(最上层用10厘米砂层封顶)，可贮存毛杜梨种60天、海棠种60天-80天，毛桃种80天-100天，酸樱桃种150天-180天、山里红种200天-300天。板栗种湿砂贮藏前？捎？.05％ 2，4-D500倍液托布律浸种3分钟可抑制贮藏烂种果；板栗种也可在排水良好的平整处(四周有排水沟)露天带蓬堆贮。 果树种子也可采用雪藏法贮藏，该法有提高种子发芽势(率)、增强幼苗出土的抗寒能力和抗病性的效果。
方法是：先将种子用温水浸1小时-3小时，捞出晾干与种子量的3倍冰雪混合均匀后埋入地下坑内，种子坑正中间插一把秸秆为通气孔，上面覆盖30厘米-50厘米厚的冰雪，再覆盖秸秆或草帘。去布前的15天-20天，将种子取出放室温下翻动混雪的种子，被融化后，捞出种子，按种子河砂1：2混拌，保持环境温度10℃-15℃，每天轻翻种子1次-2次，便会很快发芽。桃、杏、李、山里红等种皮坚硬的种子，可用60％浓硫酸腐蚀种皮20分钟左右，要用流动清水冲洗净，再放冷清水浸2天，也可使种子发芽率明显提高。