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危害杏树的主要病虫害有流胶病、褐腐病、疮痂病、细菌性穿孔病、桃蚜、蚧壳虫、红蜘蛛、桃小食心虫、杏仁蜂、舟形毛虫等。应根据病虫发生规律，预防为主综合防治。选用高效低毒、低残留的生物农药或化学农药，并要根据农药的作用机理交替使用或混用不同种类的农药，提高防治效果。
1、消灭初侵染源大棚杏在升温前要及时清扫落叶，剪除病枝，摘除僵果，集中烧毁或深埋。在覆盖地膜前，要仔细认真地喷一遍5波美度石硫合剂，预防红蜘蛛、杏仁蜂、蚧壳虫、食心虫和褐腐病、疮痂病、穿孔病等病害。
2、药剂防治
(1)褐腐病除萌芽前喷布5波美度石硫合剂外，于落花期至果实采收前20天，每10～15天喷一次药，连喷3～4次。可用药剂种类和浓度：70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液，50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液，65%福美锌可湿性粉剂400倍液，70%代森锰锌可湿性粉剂600～800倍液。
(2)细菌性穿孔病除在萌芽前喷布5波美度石硫合剂外，于落花期后每隔15天喷一次药，连喷3～5次。可用药剂种类和浓度：72%农用链霉素2500～3000倍液，硫酸链霉素3000倍液，硫酸锌石灰液(硫酸锌0.5千克：生石灰2千克：水120升)。
(3)疮痂病除在发芽前喷布5波美度石硫合剂外，从落花后至果实采收前20天，每隔15天喷一次药，连喷4～5次。可用药剂种类和浓度：70%甲基托布津可湿性粉剂600～800倍液，70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，80%喷克可湿性粉剂800倍液。
(4)蚜虫在蚜虫危害前期(杏树开花前后)喷药，可用药剂种类及浓度：10%吡虫啉可湿性粉剂3000～4000倍液，50%马拉硫磷乳油1000倍液，10%扑蚜虱3000～5000倍液，0.3%苦参碱水剂800～1000倍液，10%烟碱乳油800～1000倍液。在药液中加入500～800倍的中性洗衣粉能增加防治效果。
(5)蚧壳虫在杏树刚落叶或萌芽前喷10%的柴油乳剂或5波美度石硫合剂。在卵孵化高峰期至若虫分散转移、尚未分泌蜡质之前喷药防治，可用药剂种类及浓度：4.5%高效氯氰菊酯1000～1200倍液，25%扑虱灵可湿性粉剂1500～2000倍液，速克蚧1000～15000倍液。喷高效氯氰菊酯时必须加入300倍中性洗衣粉，其它剂型加入300～800倍洗衣粉效果更好。
(6)红蜘蛛除萌芽前喷布5波美度石硫合剂外，于幼虫孵化期喷药防治，可用药剂种类和浓度：1.8%齐螨素乳油4000～5000倍液，15%哒螨灵2000-3000倍液，73%克螨特2000～4000倍液，0.3苦参碱水剂800～1000倍液，10%浏阳霉素1000倍液。喷药时加入800～1000倍中性洗衣粉增加防治效果。
(7)舟形毛虫在幼虫期喷药。可用药剂种类和浓度：4.5%的高效氯氰菊酯1200～1500倍液，25%的灭幼脲2000倍液，90%的敌百虫1000倍液，50%敌敌畏1000倍液。
(8)主要生理病害及预防大棚杏树的生理病害主要有裂果病，缺铁时的黄化病，缺锌时的小叶病，缺磷、钾时的小叶、小果病等。可分别通过土壤根施或叶面喷洒硫酸亚铁、锌肥、硫酸锌、磷酸二氢钾等进行防治。裂果是一种由水分变化引起的病害，除与品种特性、土壤黏重度和杏树的长势有关外，更与干旱后的灌水有关。因此主要通过控制土壤水分进行预防，给杏树浇水要适时适量，前期土壤不要过干，果实第二次膨大期及着色期防止土壤过干或过湿。还可在果实膨大期及着色期连续喷两次200毫克/升稀土溶液进行预防。