在现代农业先进技术不断打破农产品产量记录的同时，人们却日益受到食品有毒残留物越来越多、口感下降的困扰。绿色食品成为当今农业和食品业发展的一个亮点。但是我国绿色食品在大步迈向市场的道路上，还面临着一些不利因素的困扰：
一是我国绿色食品业还处于产业形成的初期，尚未形成应有规模，产品结构不尽合理，一定程度上制约着绿色食品市场的发育。2000年，在我国绿色食品构成中，粮油类产品占28%，蔬菜类占17%，饮料类占15%，而市场需求较大的畜禽肉类产品、水海产品所占比例极小。产量有限、结构失调，制约着绿色食品市场影响力和渗透力的发挥。
二是绿色食品定价偏高。由于绿色食品生产过程限制或者禁止使用农药、化肥、激素、抗生素等人工合成物质，限制转基因等某些先进农业科技的应用，在采用增产和抗病虫害措施上受到了一定程度的限制，生产和管理成本较高；同时，绿色食品追求天然品质，认证、加工、储藏、检验、包装等环节有一定特殊要求，推动成本进一步上升；加之我国农业总体上管理粗放、技术落后等问题，使得绿色食品生产成本较一般农产品高出约40%以上。
三是绿色食品产销脱节问题较为突出。目前，我国绿色食品原料产地主要分布在生态资源尚未遭到破坏的农村和边远山区。据统计，在1999年绿色食品生产企业中，有近70%的企业分布于经济落后、交通闭塞的边远地区，绿色食品的消费群体则主要集中在大中城市和沿海经济发达地区，产地和消费地距离太远、供货困难。同时，绿色食品生产企业过分依赖于传统的商业流通渠道，与绿色食品营销企业未形成稳定的协作关系，产供销“快速通道”尚未普通建立。
四是消费者对绿色食品缺乏完整的认识，防碍了绿色食品的消费。由于绿色食品宣传力度不够，消费者对绿色食品概念缺乏深入了解，往往未将绿色食品纳入消费预算之中，消费随意性较大。据广州市统计局今年3月份的一项调查表明，大部分市民听说过“绿色食品”这个名词，但能够分得清“绿色”认证标志的只有21.9%，一半以上绿色食品的购买者不明白绿色食品和普通食品的主要区别，甚至有相当一部分的人以为绿颜色的食品或天然的食品就是绿色食品，还有人认为保健食品就是绿色食品。
五是绿色食品质量保证体系不健全，影响了消费者的购买信心。一些绿色食品生产企业仅仅是通过认证了事，求得一个“绿色”卖点，没有在提高质量和加强管理上下功夫，产品质量良莠不齐；对绿色食品的品牌保护不力，使假昌侵权盛行。据对北京某果品批发市场的调查显示，在市场批发的果品中，有近20%的产品包装上印有“绿色食品”字样，其中近80%的“绿色食品”系假冒产品。
六是我国绿色农产品国际竞争力低下，难以逾越“绿色壁垒”。当前，许多发达国家和新兴的工业化国家强化了农业环保技术标准，提高了对农产品质量标准的要求，由于苛刻的技术条件和安全性指标达不到进口国的要求，我国的大部分蔬菜及瓜果进不了日本，牛肉进不了欧盟，猪肉、牛肉、龙眼、柑橘、苹果、香梨等也进不了美国。我国绿色食品无论从生产标准上，还是从检查、认证和管理制度上都不被国际所认同，在绿色食品中，只有大约10%属于AA级的绿色食品才相当于国外的有机食品，才与国际标准相接轨；其余90%的A级绿色食品，一时还难以被国外广泛接受，难以领取“绿色护照”，使我国每年有大量绿色农产品出口受阻。加入WTO以后，我国新生的绿色食品业一时还难以抗衡发达国家已趋于成熟的有机农产品生产体系，还将面临国外高质量、低价格有机农产品的冲击。
