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选择耐贮的品种。不同品种的番茄耐贮性差异很大。固形物含量高、果皮厚、果肉致密，种腔小的品种较耐贮藏，如满丝、日本大粉、特洛皮克、强力米寿，橘黄加辰等。另外，植株下层的番茄和植株顶部的番茄不耐贮藏，因为前者接近地面易带病菌，后者的固形物少、果腔较空。
根据不同的用途采收不同成熟度的番茄。用于长期贮藏或远距离运输的，应选已充分长大、内部果肉已经变黄、外部果皮泛白的番茄在绿熟期采收。用于短期贮藏或近距离运输的，可选表面开始变色、顶部微红的番茄。
注意入窖前的处理。在采收前2～3天应停止浇水。采摘番茄应在露水干后进行，不要在雨天采收。采收时番茄不应带果柄，且要轻拿轻放，避免机械操作，严格挑选，除去病果、裂果及伤果。然后装入筐内，每筐装3～4层。层与层之间最好用柔软材料衬垫，以防损伤番茄，所用包装材料最好在使用前进行消毒处理。番茄采收后，应先放在阴凉处短时间预贮，散发部分热量后，再入窖贮藏。
塑料帐气贮藏。将装好的番茄堆码在棚窖或通风的库中，用塑料薄膜将码好的垛套上，封住口成为塑料帐。利用番茄本身的呼吸作用使塑料帐内的氧气逐渐减少，而二氧化碳逐渐增加，来减弱番茄的呼吸作用，以延长贮藏期。在贮藏期间，每隔2～3天将塑料帐揭开，擦干帐壁上的小水滴，待过15分钟左右将塑料帐重新套上，封住口，以补充帐内新鲜空气，排除帐内过多的二氧化碳，避免番茄得病腐烂。每隔10～15天翻垛检查一次，挑出病果，用这种方法，一般可贮藏1个多月。
薄膜袋贮藏。将青番茄轻轻装入厚度为0.04毫米的聚乙烯薄膜袋(食品袋)中，一般每袋装5千克左右，装后随即扎紧袋口放在阴凉处，贮藏初期，每隔2～3天，在清晨或傍晚，将袋口拧开15分钟左右，排出番茄呼吸产生的二氧化碳，补入新鲜空气，同时将袋壁上的小水珠擦掉，然后继续装入袋中，扎好密封。一般贮藏1～2个星期后，番茄将逐渐转红。如需继续贮藏，则应减少袋内番茄的数量，只平放1～2层，以免相互压伤，番茄红熟后，将袋口散开。采用此法时，还可用嘴向袋内吹气，以增加二氧化碳的浓度，抑制果实的呼吸，另外，在袋口插入一根两端开通的竹管，固定扎紧后，可使袋口气体与外界空气自动调节，不需经常打开袋口进行通风透气。