日本是世界水产品进口大国，其通过内阁府食品安全委员会、农林水产省和厚生劳动省等部门共同管理进口水产品质量卫生。各部门在管理职能方面各有侧重。
食品安全委员会 日本内阁府食品安全委员会主要职能是对食品安全实施检查和风险评估。根据风险评估结果，要求风险管理部门采取应对措施，并监督其实施。以委员会为核心，建立由相关政府机构、消费者和生产者等广泛参与的风险信息沟通机制，对风险信息实行综合管理。委员会由7名委员组成最高决策机构，委员经国会批准由首相任命，任期3年。其下属负责专项案件的检查评估，专门调查会由200名专家组成，分为化学物质评估组、生物评估组和新食品评估组，分别指导农林水产省和厚生劳动省有关部门开展工作。
厚生劳动省 厚生劳动省设有医药食品局，医药食品局内设食品安全部，该部是食品安全行政部门的风险管理机构。其职责范围是根据食品安全委员会的风险评估，制定食品、食品添加剂和残留农药等的规格和标准，并通过全国的地方自治体或检疫所对食品加工场的卫生、食品（包括进口食品）的质量安全进行监督检查，并广泛收集国民的意见和建议，为进一步完善政策和措施提出合理化建议。
农林水产省 日本农林水产省负责水产品质量及安全卫生的机构是水产厅和消费安全局。水产厅负责水产品的经营、加工与流通、资源的保护和管理、渔业生产的监督和管理等，侧重于行业生产管理。消费安全局主要负责产品标识、价格对策、水产品质量安全、水产养殖用药的使用、水产品生产过程风险管理和风险通报等，侧重于消费者利益保护。农林水产省内还设立了“食品安全危机管理小组”，该小组主要由消费安全局负责食品安全的官员组成，其主要职能是制定并指导实施重大食品安全事件对策。
