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2006年8月至2007年11月，全国爱卫会、卫生部联合组织首次对农村饮用水与环境卫生开展大规模调查研究。在卫生部今天召开的例行新闻发布会上，新闻发言人毛群安表示，我国农村饮用水和环境卫生状况，从整体上看有了明显改善，但与国民经济社会的快速发展和社会主义新农村建设的要求尚不适应。
据世界卫生组织提供的资料显示，在发展中国家，80%的疾病是由于不卫生安全的水与恶劣的环境卫生条件造成的。这次大型调查在全国31个省、市、自治区、直辖市和新疆生产建设兵团开展，按照分层随机的方式共调查657个县、6590个村、65839户、6948份水样。
饮用水调查结果显示：我国农村生活饮用水的水源主要以地下水为主，饮用地下水的人口占74.87%，饮用地面水的人口占25.13%；饮用集中式供水的人口占55.10%，饮用分散式供水
的占44.90%。以2006年公布执行的《农村实施（生活饮用水卫生标准）规则》作为饮用水水质评价标准，这次调查水样中未达到基本卫生安全的超标率是44.36%；地面水超标率为40.44%，地下水超标率为45.94%；集中式供水超标率为40.83%，其中近3年中央投资建设水厂超标率为38.99%，分散式供水超标率为47.73%。
据介绍，农村饮用水超标的主要因素是微生物指标超标，饮水中因细菌总数和总大肠菌群所引起的水质超标率为25.92%；集中式供水中有消毒设备的仅占29.18%，分散式供水基本采取直接采用原水。农村饮用水消毒率比较低，是导致饮用水的微生物指标超标的主要原因。
此次对环境卫生调查显示：农村入户调查卫生厕所的普及率为23.83%，其中无害化卫生厕所普及率为22.74%，厕所入室的比例为17.82%，多数厕所建在院内或者院外，上厕不方便的问题比较突出。同时调查发现，在农业生产中，利用粪肥的比例为84.34%，其中使用非卫生厕所的农户中有90.04%利用粪肥作为农肥，远远高于使用卫生厕所农户的比例是63.76%。通过未经无害化处理的粪便传播疾病的风险较高，有很多农户对未经直接处理的粪便进行使用，这样农肥使用可能会导致通过粪便传播疾病风险增加。