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乌鲁木齐市已在全区实行了无公害市场准入；吐鲁番地区狠抓特色优势农产品质量安全；塔城地区以质量安全促农产品出口；全区各地积极开展农产品质量安全工作，形成了各自的特色和亮点，质量安全水平明显提高。
4月3日，自治区人大常委会执法检查组听取了自治区人民政府关于农产品质量安全法执行情况的汇报。汇报中指出，目前，全区正在积极推进农业标准化建设，已制定农业标准430多项，形成并发布了“葡萄”、“哈密瓜”等8套农产品无公害生产标准体系。国家及自治区级各类农业标准化生产示范区（基地）已有30多个，发挥了示范带动作用。昌吉回族自治州制定了地方无公害农产品生产标准70项，绿色食品生产标准8项，其中新天葡萄酒厂制定的“酿酒葡萄”等上升为国家标准，填补了国家空白。
无公害农产品、绿色食品、有机食品发展步伐加快。有部分认定的特色优势农产品被选定为2008年北京奥运会指定产品。和田县、喀什市、伊宁市等6县市建设国家级绿色食品原料标准化生产基地总面积达到100多万亩。新疆通过有机食品和绿色食品认证的部分特色农产品已进入北美、欧洲、中亚等国家和地区市场。
农产品质量安全检验检测体系建设起步，自治区农产品监督检验中心正在筹建中。乌鲁木齐、阿克苏等9个地州市已经建立农产品质量安全检测中心，开展了初步的检测工作。有近40个县市已成立了农产品质量安全检测站。还有少数龙头企业、批发市场及超市建立了检测室点。
加大对农产品市场和投入品的监管，有效防止了重大农产品质量安全事故的发生。吐鲁番、哈密等地州对特色优势农产品产地实行定点监控，昌吉市六工镇、乌鲁木齐县青格达湖乡都以深井提水作为养鱼水源，从产地环境源头上确保了水产品质量安全。