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在焙烤食品中主要用于高纤维面包和高纤维饼干中。在欧洲，尤其是儿童和成年人对膳食纤维摄入量偏低以来，高纤维和心脏保健面包获得了新的动力。欧洲一些经营者预言在快餐业中烘焙食品将会仅次于牛奶位列第二。新的膳食纤维具有刺激细菌分裂、保护内脏、防止有害菌的再生和提高免疫力的作用，它们能提高对矿物质的吸收，降低胆固醇。并且作为膳食纤维可以缩短排便时间，提高排便量，防止便秘。由于低能量也适合于糖尿病人。如日本朝日啤酒制药公司生产的KomugiBurannoBisuketto(麦麸饼干)4块含13g膳食纤维，为一日摄取量的一半，一块饼干仅含45卡热量。
大豆蛋白是一种重要的植物蛋白，尤其是经过分离和改性后的大豆蛋白，去除了对人体健康不利的因子，营养价值得到提升。可以用于面包、饼干的生产，如美国开发了含15g大豆蛋白的能量棒。
功能性油脂包括多不饱和脂肪酸、复合脂质、脂肪改性产品和脂肪替代品。不饱和脂肪酸如亚麻酸、花生四烯酸、EPA、DHA等，这类物质具有显著的降血脂、降血糖、预防心血管疾病等功效。如鱼油的添加，自从20世纪70年代著名的对爱斯基摩人的研究以来，科学家们一直推崇Omega-3脂肪酸对心脏保护功能。许多国家包括英国、日本、北欧诸国和中国、加拿大己建立服用Omega-3脂肪酸的推荐摄入量。在欧洲它在烘焙食品及奶制品中的使用正迅速拓展。Omega-3包括DHA和EPA，DHA对中枢神经系统的发育是非常重要的，EPA是所有免疫系统中冲锋者，也是保护心脏的有力工具。在高级焙烤食品中可应用富含不饱和脂肪酸的橄榄油、茶树油等代替传统油脂。
植物活性成份，大多具有不同强度的抗氧化、抗菌和免疫调节等功能，对心血管疾病和某些肿瘤具有一定功效。对于焙烤食品，植物活性成份对油脂的抗氧化功能显得尤为重要，如竹叶黄酮等，能作为天然抗氧化剂应用于焙烤食品中。又如大豆异黄酮外加上草药和营养素，在烘焙食品方面专为妇女开发的产品有：异黄酮面包(含有40mg植物雌性激素)以及含60mg异黄酮的柠檬酸糕、巧克力奶酪、松脆花生，这些都可供选择为每天的食品。
低能量、无糖烘焙食品的开发
目前，低能量、无糖食品引起了广泛的关注，并且逐渐成为流行饮食时尚。低能量、无糖烘焙食品配料主要有功能性低聚糖、功能性糖醇和功能性油脂等。
功能性低聚糖是由3-9个单糖经糖苷键连接而成的低度聚合糖，它不被消化吸收而直接进入大肠内，优先被双歧秆菌所利用，是双歧秆菌的有效增强因子。此外功能性低聚糖还有减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生，抑制病原菌和腹泻，防止便秘，增强免疫力、抗肿瘤，降低血清胆固醇，保护肝功能，合成维生素、促进钙吸收以及低能量、不引起龋齿等多种功能。在焙烤食品中可用于制作低能量面包、蛋糕及低能量饼干，以及双歧月饼等等。
功能性糖醇是由相应的糖经过加氢还原制得，如木糖醇、乳糖醇、甘露醇、麦芽糖醇等，它们在人体中的代谢途径与胰岛素无关，可用于糖尿病人的专用食品，它们也不能被口腔微生物所利用，可长期食用而不引起龋齿。糖醇的甜度一般较低，且不参与美拉德反应，在用于焙烤食品时，它们不能完全代替传统糖类，需与其他甜味剂配合使用。如赤藓糖醇具有纯天然、无热量（＜0.2kcal/g）、高耐受量、适合糖尿病患者食用、在加工过程中性能稳定，并且有助于食品贮存，使它在焙烤行业中能够更加广泛地被应用于蛋糕和饼干的制作。