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因不同国家的有机认证标准和法规存在差异，导致有机食品在出口过程中遭遇不少障碍。专业从事有机食品技术研究和认证的环保部有机食品发展中心的尤文鹏、邰崇妹、肖兴基等专家认为，我国必须与国外有机认证和认可机构建立良好的合作关系，以破除认证产品出口中的绿色壁垒、更好地促进我国有机食品产业的健康发展。
最初的有机认证源于非政府的有机认证机构，是为达到有机食品标准的产品加施有机标签的民间行为，这种标签可用来增强产品的市场竞争力。但随着国家与有机食品有关的标准和法规的发布和不断完善，有机认证已经不再是民间认证行为，而是按照政府的标准和法规所进行的“专业性合格评定”。我国实施的是政府主导的有机认证认可管理。针对有机产品认证，我国发布了《有机产品认证管理办法》、《有机产品认证实施细则》、《有机产品（GB/T19630-2005）标准》等法规和标准。
有机认证具有产品认证和体系认证的双重性质，认证范围涉及从土壤到餐桌的每个环节。有机标签是判定某种产品是否可以在某些国家进行销售的最直观的有效依据，其内容一般包括认证机构名称、产品来源地和进口国有机标识等。一般而言，有机消费者对有机标签的选择趋向性不会决定产品是否可以进入这些国家，但会直接影响其销量。对于进口有机产品而言，在进入最终销售市场前，如果其供应链涉及其他几个国家，那么，生产、加工等所有环节除了必须符合进口国有机认证标准和法规要求外，有时还会受到生产加工所在地标准和法规的约束。进口有机食品的跨国供应链的有机认证一般都由几个认证机构根据相应的一个或多个进口国标准和法规在供应链的不同环节分别进行有机认证。在这些有机认证过程中，某个认证机构通常不可能进行所有生产和流通环节的有机认证，因此，他们必须在每个环节都顾及其前后的认证结果，并注意使其紧密衔接。在有些情况下，由于缺少认证机构之间的相互认可，或认可程度不够，就会使有机食品的国际认证与贸易变得更加复杂。