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民间环保组织绿色和平2月25日在北京表示，中国批准转基因作物将导致中国粮食主权沦失。因此，该组织紧急提请中国政府须立即冻结所有转基因水稻的商业化审批。
2月22日，国际农业生物技术应用服务组织（ISAAA）在北京举行的一个小型会议上，试图说服中国政府加快转基因作物商业化进程。
绿色和平和第三世界网络组织的最新研究《谁是中国转基因水稻的真正主人》表明：中国目前主要的转基因水稻品系均涉及多项国外专利。绿色和平组织农业与食品项目主任方立峰担心其中任何一种通过商业化种植，将意味着我国13亿人的主粮控制权被完全拱手交给拜耳和孟山都等国外生物公司。
除了对于知识产权的担心，绿色和平还再次重申其一贯的担心，即转基因作物会对生物多样性以及人体产生潜在而巨大的影响。方立峰说，转基因食品对消费者健康存在隐患。
中国农科院专家黄大昉的同事吴孔明否认了这些指责：到目前为止没有任何临床证据显示转基因作物会对人体产生危害，相反地，转基因生物通过改变性状大大提高了作物的抗病抗虫能力。