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三、渔药市场无序竞争较为严重
2005年是我国渔药生产企业大调整的一年。渔药生产企业的GMP认证，渔药的“地标”升“国标”工作，虽促进了渔药生产企业的整合、调整和大洗牌，为渔药的规范生产创造了条件，但不同程度地使渔药市场出现了一些混乱。某些无意认证的渔药生产企业，不甘心“关、停、并”，纷纷借势转为经营企业，但仍以生产企业的模式运作；产品良莠不齐、以次充好的现象屡见不鲜，破坏了诚实守信、守规经营的市场规则；渔药产品的合格率得不到保证。
四、乱用、滥用渔药现象严重，威胁着水产品的安全
以专业户占主导地位的我国水产养殖行业，养殖技术水平还处在一个较低的水平，特别是在渔药使用上，一旦养殖品种患病，往往盲目用药，存在着严重的安全隐患。据调查，我国渔药残留产生的原因主要是渔民规范用药、安全用药的意识差，主要表现在：1.不遵守休药期的有关规定或者缺乏休药期的意识；2.不正确使用渔药，在用药剂量、给药途径、用药部位和用药动物的种类等方面不符合用药规定；3.按错误的用药方法用药；4.不做用药记录；5.上市前使用渔药；6.由于对水产动物疾病及其防治缺乏认识，疾病发生后乱用药、乱投药。渔药的滥用，也会对生态环境产生较大的毒副作用。
五、渔药的滥用，导致病原体耐药性的增加
自1945年磺胺药成功地应用于治疗鳟鱼疖疮病以来，土霉素、卡那霉素、嗯喹酸、氟甲喹等药物相继在鱼类中应用，化学药物治疗成为防治细菌性鱼病的重要手段。但养殖生产中为了使治疗达到快速有效的结果，在药效不明显的情况下，往往过量用药。由于渔药的使用范围和剂量加大，养殖水体病原体的耐药性问题日趋严重。
六、渔药的给予方法所造成的负面影响，尚缺乏有效的解决途径
渔药的给予大部分是要通过水媒体，其方式有口服、泼洒、浸浴和注射。当水产动物患病，食欲下降甚至不摄食时，口服法就不能实施，且该法不可避免在水中有部分的溶失；泼洒是渔药给予最常用的方法，但它不仅会对水产动物造成较大的应激，而且会对环境造成不利的影响；浸浴和注射因要捕捞水产动物进行处理，在应用时有较大的局限性。渔药的给予方法所产生的负面效应，在一定程度上不仅不能有效地控制水产动物的疾病，而且还会给水产品的质量和环境的安全带来一些不利的影响。值得提出的是，目前我国有较多养殖区还采用向水体大量泼洒抗生素、农药等化学物质的方法治疗水产动物疾病，已对水域环境的安全造成了威胁。