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同所有病毒一样，流感病毒也拥有复杂而神秘的进化方式。它通过宿主在物种间传播，拥有极强的适应能力，基因反复重组又令病毒具有了不断变化的本领。
美国J·克雷格·文特尔研究所的戴维·斯皮罗博士及其同事们发现，人流感病毒在每个季节都会经历很多次重组。在流感病毒演化过程中，病毒的表面蛋白会改变形状，以便病毒更容易入侵免疫系统，并对药物产生抗药性。
美国和英国等流感专家认为，在目前流行的甲型H1N1流感病毒的形成过程中，重组也发挥了重要作用。它的基因来自好几个“祖先”，而猪是这些“祖先”感染的主要对象。
1930年，科学家首次将流感病毒从猪体内分离出来，其基因序列表明它们源自1918年的西班牙流感病毒。在猪从人类那里感染这种病毒后的数十年里，原始的猪流感病毒毒株一直是在猪体内发现的唯一病毒毒株。但到了20世纪70年代，欧洲出现了一种含有禽流感病毒基因的猪流感病毒，美国则出现了另外一种猪流感和禽流感病毒的混合体。
20世纪90年代末，美国科学家发现了一种三重重组病毒，混合了原始猪流感病毒、禽流感和人流感病毒的基因。这种三重重组病毒与美国和欧洲的猪－禽流感混合病毒都为最新一代甲型H1N1流感病毒贡献了基因。
据美国《纽约时报》报道，香港大学的病毒学家加文·史密斯与来自美国和英国的流感专家一直对甲型H1N1流感病毒进行分析，以找出它演变的方式和时间。
研究人员于4月底首次分离出甲型H1N1流感的致命病毒，但史密斯及其同事称，目前还在全球蔓延的甲型H1N1流感病毒的上一代共同“祖先”出现在6至11个月之前。
专家指出，要密切关注甲型H1N1流感病毒，它很可能会获取新的基因，从而产生变异。