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监管“微调”的诟病
从立法到实施，“监管体制”是最受人们关注的部分。因为长期以来，我国食品体系“多头分段管理”的特点被认为是造成如今食品安全事故频发的祸首。
“农业、工商、卫生、质监等十几个部门均涉及食品安全监管，各部门之间或者争夺监管权，或者相互推诿监管责任，最终造成监管不力，问题难究。”十一届全国政协委员、律师施杰谈及多头管理和分段管理的问题时感叹，“有些食品安全问题，在生产加工、流通和消费环节中都有可能出现，每个部门都要进行管理；有些食品安全问题，并不明显属于哪个环节，每个部门都认为不属于自己的范围而不去监管！”
那么新实施的《食品安全法》对于监管体制是否有明显突破？对此，十届全国政协委员、中国工程院院士、中国疾病预防控制中心营养与食品安全研究所陈君石教授一语定调：“《食品安全法》没有对食品监管体制作根本性的改革是最大的遗憾。”
陈君石教授口中的“最大遗憾”，就是《食品安全法》并未就多头分段管理体制做出实质改变，而只是选择在既有框架内“微调”。
根据新法，国务院将设立食品安全委员会，是“作为高层次的议事协调机构协调、指导食品安全监管工作”，目的在于从一定程度上消解“多头分段管理”的弊端。但事实上，这也再次确认了“多头分段管理”体制的继续实施。
“设立食品安全委员会是往前走了一步，但只能算是目前体制下的一种变通，问题依然没有解决。”成都市政协副主席、全国政协委员李铀直言，“要解决食品安全问题，就得建立强有力的统一监管机制，把现在的多部门分段监管改为少部门集中全程监管。”
除了多头分段监管体制的弊病，国内著名打假专家方舟子则提出了监管部门“执法不力”的问题。方舟子认为，“食品安全领域的问题不在于是否有法可依，而在于有法不依，执法不力，甚至根本就无意执法。”
他表示，防止不良企业欺骗、危害公众，本是监管部门的责任。但我们经常看到的却是监管部门没有履行其职责，互相扯皮，甚至成为不良企业的同党。有的部门说人手不够，所以只能做到被媒体曝光才进行“被动执法”，但实际上往往连被动执法都做不到，越是大型的企业，越容易得到监管部门的保护，暴露出来的问题大多也就不了了之。
此次《食品安全法》的一个亮点是成立国家食品安全委员会，负责协调各个监管部门的工作。但方舟子对这个部门发挥的作用并不看好，“国家食品安全委员会只会管重大的突发事件，不太可能监管日常的事件。而且，如果食品安全委员会自己也监管不到位怎么办？谁来管它？靠自上而下的问责是不会很有效的，不是解决问题的根本办法。”