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然而，正因为“牛肉风波”让民进党年底选情声势看涨，亦带动民进党内部权力争斗的微妙态势。民进党重量级政治人物谢长廷、苏贞昌、游锡堃等各自成立辅选团、助选团，互别苗头，在“牛肉风波”发生后更纷纷加大辅选力度，以图捞取助选、胜选的功劳，为2012年出线卡位。特别是谢长廷，“牛肉风波”后辅选格外卖力，向选民喊出“打赢县市长，美牛重启谈判”的口号；而针对民进党十三届二次党代会期间游锡堃提出的“天王退位”的说法，谢长廷子弟兵、“立委”管碧玲接受媒体采访时表示，民进党内放眼望去，没看到新一代政治明星，既然没有人冒出头，世代交替、天王退位，根本就是“假议题”。谢长廷“拔剑再战”的鲜明态势，无疑加剧着民进党吕、游、苏、谢围绕2012年出线权的角力。
与此同时，由于“牛肉风波”让民进党年底选情看涨，谢长廷喊出了7席的目标，而游锡堃更加码喊出席次过半（8席）。客观而言，“牛肉风波”导致一些县市选情对国民党不利而对民进党较为有利的态势，民进党坐三望五是极有可能的，但要拿下7席甚至过半的8席则是极高难度的目标。谢、游二人喊出这样的口号，表面上看是激励民进党的斗志和支持者士气信心，但背地里是否另有目的？如果达不到这样的目标，是否会要求民进党主席蔡英文下台负责，从而掀起新一轮的党内权力分配战？现在喊出7席或过半的口号是否是为下一步“倒蔡”埋下伏笔？不好揣测，但似乎亦不无可能。
“牛肉风波”亦引发国民党内部卡位
“牛肉风波”在国民党内部同样激起波澜。台北市长郝龙斌带头反对美国内脏和绞肉进口，台北县长周锡玮加码要求与美国重新谈判，而嘉义市长黄敏惠更主动发起“公投”联署活动，要求马当局重启谈判。国民党地方诸侯与马当局决策不同调，首先当然是出于自身选举连任利益的考量。嘉义市长黄敏惠年底要竞选连任，台北市长郝龙斌明年亦要竞选连任，在选票压力下，他们不可能为了支持马当局与民意相左的决策而甘愿得罪民众、丢失选票影响自己的政治前途，因而反对也就是自然而然的事了。
不过更值得观察的是，在郝龙斌带头反对后，周锡玮紧随跟上，甚至加码呼应民进党重新谈判要求，显然是不想让郝龙斌在这场风波中独占风头，之后他又宣布将参选明年新北市市长选举，而这显示“牛肉风波”已引发明年国民党内新北市人选的卡位战。无论是现在的台北市，还是明年合并后的台北市，在台湾政坛中的重要地位是不言而喻的。新北市卡位战中的胜出者，意味着将在“后马英九时代”的卡位中占得先机。因而，因“牛肉风波”而提前引发的明年国民党内新北市人选的卡位战，会否连带提前引发朱立伦、郝龙斌、周锡玮等马英九之后的国民党政治新星“后马时代”的卡位战，值得关注。
此外，这场“牛肉风波”中，无论是国民党籍县市首长还是党籍“立委”出现反对声音，固然与这些政治人物因顾及选票而必须顺从民意有关，但也与他们对马当局高层决策方式不满有关。据媒体报道，此次马当局与美国谈判牛肉问题，仅由少数高层掌握，当局相关专业部门如“卫生署”负责人都在状况外，而马当局决策前也未与“立院”党团及县市首长充分沟通，以至消息一出“立院”党团不知如何应对，县市首长各自为战。目前，国民党“立院”党团虽已掉转枪口，与马当局一致应对民进党的进攻，但党籍“立委”和党籍县市首长的不满也可想而知，这种不满情绪当会引发一些后续动作。因此，此次风波之后，作为当局最高领导人与国民党主席一肩挑的马英九，未来如何理顺党政关系、行政当局与“立院”党团的关系、决策高层与县市首长的关系，完善决策机制，这也是值得后续观察的问题。
总之，一场“牛肉风波”，民众最关心的是食品安全和自身健康问题，政党和政治人物虽然也把民众的关切挂在嘴上，但骨子里关切的却是各自难以放在台面的政治利益，由此自然激起诸多政治涟漪。11月5日，国际趋势大师约翰?奈思比访问台湾时表示，台湾不要只重视政治，而要重视经济。然而，这在现今的台湾何其难也。