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就整个食品产业链而言，它包含了从农田种植、养殖、生产加工、储运物流、市场流通、终端消费的所有环节，同时涉及生产者、贸易商、销售商、物流企业等多方利益。食品安全风险危害可能发生在食品产业链的任一环节。由于市场需求快速发展，现代食品工艺迅猛发展、配方五花八门、生产周期长、参与主体多、物流方式灵活多变等，致使安全风险产生环节更多，因素更复杂。这些因素大致可分为：一是生产者的因素，包括生产者的政策法律意识和水平、专业水平、管理及自控水平等；二是储运及流通销售环节的安全控制，如需冷链运输的食品没有很好地控制温度、存储环境不当，造成食品变质或污染等；三是销售者的质量控制体系是否完善，如目前很多中小型商场以及个体经营的小商贩，其供应商资质的审核、商品的验收、仓储物流的安全控制、追溯及召回机制、员工培训等还不够健全，法律意识也比较淡薄，如将超过保质期的产品更改日期再继续销售等；四是政府监管的有效性，这取决于监管体制是否科学、手段是否先进、社会宣传是否到位、人员素质是否够高等。
可以说，食品安全贯穿于整个监管链，监管的链条是环环相扣的一个不可分割的整体，上一环节的监管效果和力度直接影响到下一环节，所以食品安全监管有效，监管链上环与环之间是否紧密而有效地连接至关重要，任何一个连接的点不健全、不坚实都可能使整个链条崩溃。
以进口食品为例，目前的监管模式是检验检疫部门对进口食品批批检验，合格出具“卫生证书”，商场凭证验货销售。《食品安全法》第三十九条规定了“食品经营者采购食品，应当查验供货者的许可证和食品合格的证明文件。”《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》第五条规定了“销售者应当向供货商按照产品生产批次索要符合法定条件的检验机构出具的检验报告或者由供货商签字或者盖章的检验报告复印件。”但据市场监督情况看，基于便利的考虑，除一些大型卖场比较正规，建立了严格的索证制度，