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去年秋天以来的旱灾是云南省咖啡产业继1999年霜冻损失12亿以来的又一次重大损失。根据云南省咖啡行业协会调研的情况，截至4月中旬，云南咖啡现有的种植面积43.9万亩中有23.7万亩成灾，绝收多达6万亩，经济损失近6亿元。其中因产量减少损失约3.47亿元，因质量降低损失约3800余万元，咖啡树枯死截杆或者重新定植造成的损失约达2亿元。
此次干旱对3年内栽种的咖啡树苗影响最大，2009年新植的咖啡树苗枯死率高达40%。尽管清明前后下了几场雨，2、3批的咖啡树开始开花，但降雨量依旧不能满足需求，第二批做果的咖啡豆外观品相很差。如果5月10日前还得不到有效降雨，咖啡树根部将全部死掉，今年咖啡很有可能面临全部绝收，损失将更加惨重。
此次旱灾对云南省咖啡造成的经济损失是持续性的，除造成2009~2010年减产减质外，还将持续影响2010~2011甚至2011~2012年度的产量。由于咖啡树大面积枯死需要截杆和重新定植以把损失降到最低，但截杆后的咖啡树重新发新芽后要等到明年才能成熟挂果，而咖啡重新定植从育苗到挂果需3年时间，所以接下来的2-3年云南咖啡的产量和质量都将会因为今年的旱灾受到持续性影响，经济损失近6亿元。今年咖啡产量减产19.1%，损失达1.2亿元，2010~2011年咖啡产量减产约15.3%，损失约1.2亿，2011~2012年咖啡产量约减产14.5%，损失约1.1亿。今年的咖啡豆产量估计每亩只能收100多公斤，比正常年份减产1/3。
据统计，截止2009年底全国咖啡种植面积约45万亩，其中云南咖啡种植40万亩，超过全国总面积的98%，已成为中国最大的咖啡产区。云南"十二五"规划提出要把咖啡种植面积增加到100万亩，投产面积大80万亩，产量10万吨以上。