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继旱情之后，持续的暴雨天气又开始侵害南方部分区域。在5月中旬，江南大部、华南东部出现大范围持续强降水天气过程，造成浙江、江西、湖北、湖南、福建、广东等省局地发生洪涝灾害。
广州市自2006年启用全新天气预警信号以来，共发出两次暴雨红色预警信号，都集中在5月7日-14日一周内。数据显示，广州一周降雨量440毫米冲破百年纪录;周降雨超全年降雨1/4。与此同时，江西省多地迎来今年入汛以来范围最广的一场特大暴雨天气，188个乡镇出现100-250毫米的大暴雨。不仅仅是江西，连日来我国湖南、贵州等南方省份也相距暴雨倾城。
据中国气象局局长郑国光介绍，“今年以来，江淮江南降水异常多、汛情早，南方强对流天气出现早、频次多、影响广、致灾重”。自开春以来，西南大旱、北方霜冻给我国今年的粮食产量带来了诸多不确定因素，如果江淮江南的洪涝灾情继续持续，势必会让今年的粮食形势更为严峻。
来自国家民政部消息，截至12日，此次灾害过程已造成南方10省(区、市)农作物受灾面积399千公顷，其中，绝收面积50.8千公顷，重庆、湖南、广东、江西受灾较为严重。其中，受灾区域油菜减产已基本成定局，水稻、小麦的生产也不容乐观。