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稻米是受到东盟自由贸易协定直接影响的农产品及加工制品。其他如东盟－印度、东盟－韩国和东盟－日本等自贸协定的缔约国则尚未开放稻米市场，即不将稻米纳入降税产品目录。东盟－中国自贸协定将稻米列为高敏感产品，在2015年1月1日前稻米关税将逐步降至50%以下。而在东盟－澳大利亚和新西兰自贸协定生效前，该两国的稻米进口已实行零关税，但泰国稻米对澳大利亚市场出口值仅占泰国稻米出口总值的4%。
泰华农民研究中心分析了东盟自贸区对泰国稻米的影响，发现以下一些需要关注的问题：
稻米走私入境问题。目前泰国政府对稻米进口的管理措施仅允许进口工业用碎米，并须从指定口岸进口以便使用专门监测病虫害、残留农药和转基因成份的仪器进行检验，以防止有上述问题的进口稻米混入泰国稻米。同时进口时段也有严格限制，以避免泰国稻米价格受到冲击。但是，受价差所驱使，稻谷走私入境现象仍屡禁不绝。
由于国内碾米厂产能过剩，产能利用率仅为30%，外贸厅设想允许允许合法进口邻国稻谷到国内指定地区的碾米厂加工，分装后全数重新出口，并规定允许进口的地区和时间以便加强管理，防止国内稻米价格受到影响。这一设想既能充分利用泰国碾米厂产能，也能给稻米产量多但碾米产能不足的柬埔寨等邻国带来好处，对双方都有利。
组建亚洲稻米公司问题。泰国稻米出口量占世界稻米出口总量的30%，如果加上邻国的出口量则占世界总出口量的50%。组建亚洲稻米公司联合管理稻米出口，将使东盟国家在国际稻米市场价格上拥有更多的话语权。不过，这一设想虽然很好，但实际操作时却面临重重挑战。如越南稻米出口把泰国作为直接竞争对手，东盟新成员国中的邻国也都有加快扩大稻米生产的政策，并有可能在今后成为泰国的竞争对手。此外，同为东盟成员国的主要稻米进口国如菲律宾和印尼也正在加速发展稻米生产以保证国家的粮食安全，未来其稻米进口将趋向减缓。