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中国益生菌考查标准缺失
中国市面上许多酸奶都会在产品包装的显著位置标明一定单位内的活性益生菌数量，从每千克10亿个到每千克20亿个，甚至还能见到每千克富含50亿个、100亿个、200亿个活性益生菌的。专家介绍，如果单从名称来看，应该是有其相应的作用的，但问题是，对于这些酸奶中是否真的含有这种菌、数量是多少，却没有相应的考查标准。而在美国，益生菌由食品药品监督管理局（FDA)管理的，在进入市场前必须通过“公认安全使用物质”(GRAS)的认可。在加拿大、欧盟等地区，益生菌也是由相关部门做安全验证后才能进入市场的。
中国还没有制定过相应益生菌的标准。
益生菌国家标准尚未出台，厂家自说自话
中国还没有制定过相应益生菌的标准。目前只有卫生部2001年出台的“可用于保健食品的益生菌菌种名单”的有关规定；在益生菌发酵乳制品方面没有规章可循，而含乳饮料的国家标准GB/T21732-2008只是规定了乳酸菌饮料的含菌量， 无论是未杀菌(活菌)型发酵型含乳饮料还是未杀菌(活菌)型乳酸菌饮料，乳酸菌活菌数在出厂期要求达到1×106cfu/ml（菌落单位），保质期前需要活菌数按产品标签标注的乳酸菌活菌数执行。这低于国际标准1×107cfu/ml的要求。同时，乳酸菌标准也并未对乳酸菌在人体肠道是否能存活，而且存活多少有硬性规定。
上文提到，目前中国市场上仅有少数几款酸奶添加了益生菌、而且功能宣传得到国家认可，取得保健食品生产批号。按照国家法规的规定，普通食品是不能在包装上宣传功效的。但是市面上大推益生菌功效、又不属于保健食品行业的酸奶大行其道。乳品生物技术专家张和平说：“由于没有相关法规，也没有一套完整的体系进行监控，一些酸奶品牌包装上虽然标注着高科技益生菌群，但到底有无添加、添加了多少都是厂家自说自话，实际上可能与普通酸奶并无多大差异，一些商家涉嫌炒作。”甚至出现在益生菌发酵乳制品中检验不出该益生菌的以假乱真现象。
虽然现在普遍认可益生菌对人体有益，能起到保健作用。但由于中国尚没有系统地研究和制定益生菌和益生菌发酵乳制品标准，由此导致市场上益生菌名称叫法五花八门，益生功能被夸大宣传等现象严重，甚至很多商品仅有和普通酸奶一样的菌类成分。消费者不能受广告的误导，迷信益生菌饮料或酸奶的功效。而另一方面，益生菌对人体免疫系统是否真的具有保健功能，对人体是否有害，国际尚没有定论，这还有待科学家进行全面的研究和认证。