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近年来，祁连县大力转变农牧业生产经营方式，着力从规划、技术、服务、市场等方面多管齐下，大力推进绿色无公害农畜产品基地建设，加快农畜产品标准化生产步伐，全面提高农畜产品品质和市场竞争力，促进农牧业增效农牧民增收。
该县按照“围绕龙头建基地，突出特色建基地，连片开发建基地”的思路，积极调整种养产业结构，加速发展绿色无公害农畜产品和基地认证，逐步形成了以牛羊肉、蔬菜和食用菌三大产业为主的产业格局。并立足当地优势资源、行业特点和质量安全状况，牧区在突出品种特色的基础上因地制宜地拟定了牲畜选育方案，确定“毛肉兼用”作为本地藏羊的选育方向，全县共组建核心群270群，能繁母羊达8.31万只，选留“良补”种公羔共计8320只，输出种公羔8110只调往我省20个县，被省农牧厅确定为首批9个绵羊补贴项目试点县之一，并获得种畜生产经营许可证，填补了该县生产经营种畜的空白。同时，组建牦牛核心群290群，每年繁育良种牦牛100余头，建成牦牛核心选育群100个， 可繁母牛存栏规模达6000头以上。农区积极争取投资因地制宜的进行食用菌产业培育开发，2011年投资410万元在拉洞台、青阳沟、鸽子洞村建成200处食用菌种植大棚，当年产出鲜菇20万斤，收入达70余万元。今年，将继续争取投入连片开发扶贫资金200万元，建设食用菌大棚400栋。
按照“市场化运作、多元化筹集、产业化经营”的发展思路，祁连建设了产业优势明显、集群效应突出、分工分类明确的冰沟工业园区，引进亿达、金祁连等4家具有一定规模、科技含量高、市场前景好、竞争力强的绿色无公害农畜产品加工龙头企业，以牛羊肉、奶业、食用菌等优势产品为重点，着力打造“高原牌”、“绿色牌”、“有机牌”，提升农畜产品质量和效益，开发了牛系列产品、羊系列产品、奶系列产品和菌系列产品。同时，进一步完善以绿色无公害农畜产品为纽带，以龙头企业为主体，以原料基地为依托，以农牧户参与为基础的一体化组织形式，培育和壮大各类专业协会和中介组织，强化企业、基地和农户间的利益联结机制，实现企业增效、农牧民增收的“双赢”目标。全县已注册登记备案的专业合作社63家，协会15个。共注册资金36553.884万元。实现发展集约化经营的合作社共整合草场775.3万亩，整合牲畜60.8万头只，集约耕地2.6万亩，带动农牧户5652户。2011年各类组织总收入1589.96万元，总支出597.13万元，盈余992.83万元，会员人均收入7892.13元。同时，通过积极参加展销会、洽谈会等活动，以展促销，推动了绿色无公害农畜产品流通，扩大品牌农畜产品的生产和消费。“祁连藏系”、“祁连黄蘑菇”获国家地理标志证明商标，产品畅销省内外。