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三、政策建议
(一)尽快将农产品进项税额扣除率由现行的13%调整为纳税人销售货物的适用税率。按照2011年财政部和国家税务总局《农产品增值税进项税额核定扣除管理办法(征求意见稿)》的设计，增值税进项税额扣除率需采取投入产出法或成本法进行核定，但实际操作比较复杂，短期内还难以全面推行。建议增值税进项税额扣除管理办法改革试点分两步推进。第一步，继续采用农产品收购发票凭证直接计算增值税抵扣进项税额方式，把农产品增值税进项税额抵扣率由现行的13%调整为纳税人销售货物时的适用税率，先解决“高征低扣”问题，降低农产品加工企业税负。第二步，等时机成熟，适时在全国推广投入产出法和成本法进行增值税进项税额核定抵扣。
(二)扩大农产品初加工的范围，进一步降低农产品加工企业的税负。建议适当扩大农产品初加工目录范围，将与人们日常生活密切相关、对带动农民增收效果显著的农产品加工业纳入初加工范围，采用13%的增值税税率。针对当前食品价格上涨的突出问题，建议对从事粮油、肉蛋奶、果蔬等生活必需品加工企业的增值税销项税率统一调整为13%，降低企业成本，稳定食品价格，保障市场供给。
(三)扩大增值税进项税额核定扣除办法改革试点范围，及时总结经验。与目前按照收购凭证核定增值税进项抵扣额的方式相比，采用投入产出法和成本法核定增值税进项抵扣额的方法更科学合理。但不同行业的加工方式、工艺有较大差异，投入产出法和成本法在各行业所遇到困难和问题也不尽相同。建议将试点扩大到更多的行业，可以在粮棉油、肉蛋奶等主要行业各选取若干大型企业，分别开展试点，进行对比分析，总结经验，按照“科学合理、操作简便”的原则选择合适的操作办法，进一步完善农产品加工业增值税政策。