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随着水产品出口量的增长，我国水产品在国际贸易中出现的问题也渐渐显现出来，主要问题是我国水产品的质量问题，已成为发达国家限制我国水产品进口的主要理由。
水产品出口方面，中国最主要的竞争对手是挪威、泰国，以及越南、智利、印度尼西亚等国家。中国国际贸易研究中心研究员肖伟表示，泰国和越南等东亚国家和我国出口结构相似，我们要想在国际市场中占据有利位置，在保证我国水产品质量的前提下，必须使我们的产品更有价值。同时加强贸易资讯的流通与应用。
肖伟表示，我国水产品的质量问题，已成为发达国家限制我国水产品进口的理由，并因此对我国水产品设置技术壁垒。根据分析被通报产品可以判断，我国水产品质量存在的主要问题是药残留和微生物污染问题。主要原因是我国水产品质量的监督机制和检测水平较国际水平有较大差距，同时监督力度不够、质量检测机构少、技术水平低也是造成质量问题的原因。而且部分企业不能严于律己，酿成一些恶性质量安全事件，对我国整个水产业造成了极坏的影响。所以，从源头上解决我国水产品质量迫在眉睫。
肖伟认为，我国要大力推广生态养殖，水产品加工企业要实行严格的质量管理体系，应该加大对国际标准的采标力度，加大监管力度，加大新工艺技术、国际新的检测标准和认证体系的推广力度，与国际接轨，组建行业协会组织，对内加强行业自律，避免同行业之间的恶意竞争和血本竞销。对外加强同其他国家行业协会的联系，做好水产加工信息的收集、整理、分析及发布，满足政府制定政策和企业进行生产经营决策的需求。还要改进出口水产品质量安全信息平台，创新出口水产品质量安全追溯体系，对出现质量问题的企业责任人和所属政府责任人进行问责制。大力开拓新兴市场，以减少相对集中的个别市场波动给水产品出口带来的风险，减少对单一市场的依赖。