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6月6日以来，福建省泉州、漳州海域分别发生有毒赤潮。6月9日，福建省海洋渔业部门和漳州市同时启动赤潮灾害二级应急响应；6月12日，厦门市启动赤潮灾害三级应急响应。此次赤潮第一优势生物种为可产生贝类毒素的链状裸甲藻，厦门检区部分出口海水养殖基地处于赤潮发生区域，为防止受污染水产品原料投入生产，影响出口贸易，机场检验检疫局第一时间采取措施积极应对：
一是将赤潮相关信息通知出口水产品生产企业，要求企业密切关注赤潮发展动态。排查备案的出口海水养殖基地，重点监管受到赤潮污染的养殖基地，禁止受污染原料投入生产。二是督促企业加强原料验收把关，加强出口产品的检测验证，完善自检自控体系和食品安全防护体系。即日起至应急响应结束，对采购的来自发生赤潮海域的原料及其加工品做好隔离，进行风险评估处置，杜绝不合格产品出口。三是加强联防联控，指定专人负责联系传达，及时对接检区地方政府海洋渔业主管部门，加强跟踪检查。
面对日益严峻的出口贸易形势，今年起，厦门机场检验检疫局积极引导出口水产品生产企业建立自检自控体系，落实出口企业主体责任，加强出口水产品风险分析与质量监控，有效地促进了水产品的出口。2017年至今共检验检疫出境水产品766.4吨，货值640.77万美元，同比增长135.03%、132.52%。