元明清时期，随着经济，文化的进步，医药学有了新的发展。 药酒在整理前人经验，创制新配方，发展配制法等方面都取得了新的成就，使药酒的制备，达到了更高的水平。这一时期，我国已积累了大量医学文献， 前人的宝贵经验受到了元明清时期医家的普遍重视，因而，在元明清时期，出版了不少著作，为整理前人的经验做出了重要的贡献。
<<饮膳正要>>是我国的第一部营养学专著。共三卷。天历三年(1330年) 刊。忽思慧为蒙古族营养学家，任宫廷饮膳太医时，将累朝亲侍进用奇珍异馔，汤膏煎造，及诸家本草，名医方术，并日所必用谷肉果菜，取其性味补益者，集成一书。书中关于饮酒避忌的内容，是很有道理的。具有重要的价值。书中的一些补酒，虽没有详细记载，但都是颇为有效的，在<<本草纲目>>中则有详细记载。
明代伟大的医学家李时珍写成了举世闻名的名著<<本草纲目>>，共五十二卷，万历六年(1578年)成书。该书集明及历代我国药物学，植物学之大成，广泛涉及食品学，营养学，化学等学科。该书在收集附方时，收集了大量前人和当代人的药酒配方。卷25酒条下，设有"附诸药酒方"的专目，他本着"辑其简要者， 以备参考。药品多者，不能尽录"的原则，辑药酒69种。除此之外，<<本草纲目>> 在各药条目的附方中，也往往附有药酒配方，内容丰富，据有人统计<<本草纲目>>中共计药酒方约为200多种。这些配方极大多数是便方，具有用药少，简便易行的特点。
<<遵生八笺>>是明代高濂所著的养生食疗专著，共十九卷， 约成书于万历十九年(1591年)全书40多万字，分为八笺，以却病延年为中心，涉及医药气功 ，饮馔食疗，文学艺术等。其中的<<饮馔服食笺>>共有三卷，收酿造类内容17条。酿造类中的碧香酒，地黄酒，羊羔酒等，均为宋代以来的名酒。其中一些是极有价值的滋补酒。此外在<<遵生八笺>>中的<<灵秘丹药笺>>中还有30多种药酒。
<<随息居饮食谱>>是清代王孟英所编撰的一部食疗名著，共一卷。咸丰十一年(1861年)刊行。书中的烧酒条下附有7种保健药酒的配方，制法和疗效。 这些药酒大多以烧酒为酒基。与明代以前的药酒以黄酒为酒基有明显的区别。以烧酒为酒基，可增加药中有效成分的溶解。这是近现代以来，药酒及滋补酒类制造上的一大特点。
明代朱___等人的<<普济方>>，方贤的<<奇效良方>>，王肯堂的<<证治准绳>>等著作中辑录了大量前人的药酒配方。明清时期也是药酒新配方不断涌现的时期。明代吴__的<<扶寿精方>>， 龚庭贤的<<万病回春，<<寿世保元>>，清代孙伟的<<良朋汇集经验神方>>，陶承熹的<<惠直堂经验方>>，项友清的<<同寿录>>，王孟英的<<随息居饮食谱>>等都记载着不少时清时期出现的新方。这些新方有两个值得提出的特点:
1 补益性药酒显著增多。明代吴__的<<扶寿精方>>药酒门载药酒方9首，方虽不多，但集方极精，其中有著名的"延龄聚宝酒"，史国公药酒等。在<<万病回春>>和<<寿世保元>>两书中，记载药酒近40种，补益为主的药酒占有显著地位，象" 八珍酒"，扶衰仙凤酒，长生固本酒，延寿酒，延寿瓮头春酒，长春酒， 红颜酒等都是配伍较好的补益性药酒，有较大的影响。吴，龚二氏辑录的药酒方，对于明清时期的补益性药酒的繁荣起了积极的作用。在前面所列的清代书目中，也记载着数目可观的补益性酒，其中的归圆菊酒，延寿获嗣酒，参茸酒，养神酒，健步酒等都是较好的补益性药酒。与明清以前的药酒相比，这一时期可说是补益药酒繁荣的时期。
2 慎用性热燥热之药。唐宋时期的药酒，常用一些温热燥烈的药物，象乌头，附子，肉桂，干姜等。这样的药物如果滥用，往往会伤及阴血。金元时期我国医学界学术争鸣十分活跃，滥用温燥药的风气受到许多著名医家的批评。这对明清时期的医学有深刻的影响。故明清的很多药酒配方采用平和的药物以及补甸养阴药物组成，这样就可以适用于不同病情和机体状况，使药酒可以在更广泛的领域中发挥作用。
明清时期还出现了一批方论专书，作者着重研究用药组方的规律， 结合优秀方剂，从理论上阐述用药道理和配伍规律，象明代吴昆的<<医方考>>，清代汪昂的<<医方集解>>。这此专著阐述配方时也涉及到药酒。<<医方考>>一书中就论述了七种药酒配方的组方用药的道理和主治功效，基中包括虎骨酒，史国公酒，枸杞酒，红花酒，猪膏酒等。这对于促进药酒配方的研究，指导正确使用起到了一定的作用。
明清时期的药酒在配制方法上，突出表现了在热浸法的普遍使用上。 适当提高浸渍温度可使植物性药材组织软化，膨胀，增加浸出过程中的溶解和扩散速度，有利于有效成分的浸出，而且还可以破坏药材中的一些酶类物质，增强药酒的稳定性，因此采用热浸法对于许多药物来说具有更好的浸出的效果，是一种科学方法。
(注:有关药酒部分，一些观点引自许青峰著<<治疗与保健药酒>>，中国食品出版社，1988年)。
