微生物污染是导致豆制品质量发生不良改变的主要因素。如前所述,豆制品含有丰富的蛋白质、糖类甚至脂肪,且大多数含水量较高,是微生物生长繁殖的理想条件。加之我国的豆制品生产大多数是手工操作,对工艺和设备的要求都不严格,卫生条件差,就容易被微生物污染,而使豆制品发酵、枯干、变馒。如天津市卫生防疫站对于香干的生产、运输,销售等过程中微生物污染的情况进行过调查,发现生豆浆煮后大肠菌群为小于30个/100克,到销售环节时则上升到大于2500个/100克。由此可见,豆制品在生产至销售的各个环节都可被微生物所污染。因此,在豆制生产,运输、销售的各个环节都要严格按卫生要求操作,所有接触豆制品的容器,设备、工具都必须进行彻底消毒,以防止微生物污染。