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在麦当劳的整体系统中，麦当劳餐厅的营运是重要的一个环节，因为麦当劳的品质、服务清洁和物有所值是通过餐厅的员工传递给顾客的。餐厅厨房是麦当劳把握食品安全的重地。
麦当劳从程序、温度、卫生、清洁与消毒以及时间这几个方面着手进行严格把关，从而有效防止了食品卫生问题。一丝不苟的清洁在清洁环节上，麦当劳有着严格的清洗消毒程序，所有的厨房器具在使用之前都要用对人体无害的消毒溶液或过滤水进行全面消毒。
餐厅内凡与手或食物接触的表面均应用清洁消毒抹布对其进行全天候的清洁维护。在煎区、柜台区和用餐区均应随时备置清洁消毒抹布桶。此外麦当劳在各个环节注意食品的隔离，手套、抹布都分不同用途，以彻底避免交叉感染。
食品安全专家认为，烹调食物一定要煮熟煮透，才能杀死致病的有害细菌。在麦当劳每一个产品都有电脑严格地控制其制作的温度，以保证产品符合相应的温度的要求。例如，摄氏69度（即华氏155度）是国际权威的牛肉烹调安全温度标准。麦当劳严格遵循国际权威标准，确保牛肉被充分彻底地加热至摄氏69度（即华氏155度）， 以达到肉质安全，同时也很好地锁住了其丰富的肉汁和营养。
麦当劳严谨完善的专业系统的支持，是“全面供应链管理”的精髓元素。其中供应商的选择、上游管理、生产管理、运输网管理、应急计划以及鉴定自审，令整个系统互相配合，构成了麦当劳环环相扣，严格专业的食品安全管理体系。
为符合麦当劳高标准的产品要求，麦当劳的供应商都有着一套完整的产品质量保证体系，每个工序均有标准的操作程序。比如生产过程就采用统计工艺管理法，危害分析关键控制系统（HACCP），此系统最初由美国太空总署应用于太空人食品监控上，是处理及制作食品安全的最高卫生系统。而且每种产品都有几十种质量控制指标，以确保食品的安全和高品质的产品。
其中的牛肉饼不仅是使用百分百的纯牛肉，而且还有四十多项的质量控制指标和检测。对肉类的要求如此，对鸡蛋的来源也要求极高。供应商对每一个鸡蛋也要严格筛选，务求新鲜和重量合乎标准。而每一个精选鸡蛋也要被清洗消毒及上保护膜后，以冷藏条件才可进入麦当劳餐厅。
麦当劳在中国已有超过650家的餐厅。它们能够长期为众多消费者提供优质、美味，且安全的食品，就是有赖于这样一套完善周密的食品安全管理系统。“麦当劳不仅仅是一家餐厅”这句话精确地涵盖了麦当劳的经营理念。