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农科院甘蔗研究所创新育种思路，大规模开展甘蔗品种选育和改良，“十一五”以来自主选育的7个甘蔗新品种已成为我省新一代主推品种，今年选育开发出6个新品种并实际应用于生产，使云蔗型品种首次超过了外引种，成功实现了我省甘蔗品种由自育种、引进种平分天下到自育种占据主导地位的历史性转变。
作为全国第二大甘蔗生产基地，针对云南甘蔗产业发展中存在的科技问题，省农科院甘蔗研究所依托国家甘蔗品种改良分中心、国家甘蔗种质资源圃、国家云南甘蔗良种繁育基地等平台，积极进行甘蔗新品种选育和快速繁殖推广。该所首次将国外家系评价技术与国内单株选择技术有机结合，在全国首创了“核心家系生态”育种法，并申请了国家专利保护，形成了一套科学、高效的育种体系。与此同时，该所充分发挥甘蔗种质创新优势和育种杂交制种优势，在瑞丽甘蔗杂交基地大力开展野生种的远缘杂交、回交，获得了大批珍贵的育种基础材料和亲本。2007年，该所向全国甘蔗育种机构产业化提供新型杂交组合订单394个，占全国规模的30%以上。
在2008年参加云南省甘蔗品种区试的9个品种中，省农科院甘蔗研究所自育的品种占了90%；国家在南方5个省区进行的甘蔗品种区试生产示范中，甘科所选育的品种占30%；由省科技计划立项支持，甘科所选育的云蔗94－375是我省育成的第一个糖能兼用甘蔗新品种。“十一五”以来，省甘科所每年向云南蔗区提供甘蔗新品种原种2000吨以上，占云南省每年提供原种数量的90%左右，已成为云南新一代甘蔗品种改良的主导种源。此外，由甘科所选育的云蔗99－91、云蔗99－601、云蔗02－2332、云蔗03－258等一批创新品种在生产上的应用面积也在逐年扩大。