中国农业科学院生物技术研究所前任所长黄大昉表示，中国作为最大的水稻生产国，因稻螟虫危害造成水稻严重减产。Bt水稻有潜力使产量增加8%，并减少80%的杀虫剂用量，每年能为大约4.4亿以水稻生产赖以生存的中国人带来直接、巨大的利益。
根据农业部的安全证书，上述两种转基因水稻的有效期是2009年8月17日至2014年8月17日，生产应用范围限在湖北省。
农业部向转基因水稻发放安全证书这一举动，意味着转基因水稻离普通公众的餐桌越来越近，但相当部分公众和社会舆论仍对转基因食品报有怀疑，甚尔完全排斥，张启发和他的团队自然也成为一些专业人士和环保组织等声讨的对象。
春节期间，记者通过华中农业大学相关部门，想请张启发就中央一号文件有关转基因的阐述进行解读。学校相关部门转述张启发的意见：作为当事人他不能自话自说对自己有利的东西，应该多听听其他专家学者的看法；感谢并尊重不同意见者，正是不同的意见，让他与团队在转基因水稻的研究中更加严谨。
华中农业大学校长邓秀新院士在接受采访时认为：“中央文件第一次给转基因这一品种改良途径的发展定基调，这再次表明推进转基因新品种产业化是国家战略。”
激辩针对安全与专利
目前，全世界范围内，推动转基因粮食的最大阻力来自人们对它的不了解以及由此带来的排斥。相对而言，欧美国家反对的声浪更高，眼下，反对的声音正向国内扩散。国内争论的焦点是安全性和专利权。
排斥者认为，转基因水稻可能通过花粉传播而污染传统的水稻品种，对环境与生物多样性造成严重威胁。在他们的观点里，就长期人体健康而言，转基因水稻的食品安全性尚不明确。
在知识产权问题上，排斥者担心，转基因水稻涉及多项国外专利，因而可能会给国家的粮食主权埋下“定时炸弹”。他们认为，国内现在所涉基因，专利归属不太明晰，很多为跨国公司注册，他们担心，转基因水稻一旦商业化，中国农民会为种子向国外公司支付高昂的专利费用。
张启发院士的研究团队自然是支持者。在他们看来，评价转基因食品安全性的目的，不是要论证该食品的绝对安全性，而是评价它与非转基因的同类食品比较的相对安全性——在国际上，这种“实质等同”原则是被广泛接受和采用的。
根据张启发团队的解释，转基因水稻品种使用的是专一高效杀虫的Bt蛋白——目前，这种蛋白质的结合位点只在水稻二化螟、三化螟和稻纵卷叶螟等鳞翅目害虫的肠壁上被发现，因而，该蛋白能选择性地有效杀死该类害虫；而人类肠道上没有该蛋白质的结合位点，故不会对人类健康造成危害。食用安全性分析表明，转基因水稻品种与非转基因对照品种比较，在主要成分、微量元素等营养学、毒理学、致敏性评价等方面，未见生物学意义上的差异及不良影响，二者同样安全。
此外，转基因农作物在全球大面积种植已有13年之久，食用转基因食品的人群超过10亿人，至今还没有关于转基因食品不安全和对消费者身体健康存在隐患的任何证据。
