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在食品安全法执法检查过程中，不少地方反映，食品安全标准缺失，增加了监管难度。
目前，我国食品标准体系由国家标准、行业标准、地方标准、企业标准等组成，各类食品标准又分散在农业、质监、卫生等多个部门，给食品安全监管增加了难度。
迄今为止，除66项乳制品国家安全标准外，大部分食品安全统一标准尚未出台。原有的食品标准，虽门类齐全，数量众多，但对于一些比较敏感、关注度高的产品或项目，标准滞后问题十分严重。不久前，全国打击违法添加非食用物质和滥用食品添加剂专项整治领导小组发布了食品中可能违法添加的47种非食用物质和可能在22种食品中滥用的食品添加剂，其中有30余种因没有检验方法、标准而无法检测。
此外，我国的监管技术、方法和相关标准体系亟须完善。在监管部门的抽查、检测中，对某种食品是否合格，检测项目主要是国家相关标准中允许添加的成分，一旦食品中含有标准里不允许添加的其他物质，抽检时往往检测不到。
最近爆出的塑化剂风波就属于这一类情况。随着近年来直接用于食品及间接与食品接触的化学物质的日益增多，相应的检验检测方法、对未知物的发现和检测能力更显滞后。
执法检查期间，上海就发生了染色馒头事件，并发生在取得生产许可证的企业和大型连锁超市。专家就此指出，“问题馒头是由新闻媒体首先发现的，而不是食品监管部门通过日常监管发现的，这充分反映了食品安全监管部门在加强监督执法力度的同时，应进一步提高监督执法能力和创新监管方式，其中就包括提高相应的检验检测能力。”
实际上，食品安全法实施以来，各地也开展了一系列推进食品安全风险检测、风险评估和地方标准体系建设的尝试。
如在重庆，相关部门出台了《重庆市食品安全地方标准管理办法》，规定了地方标准的立项、起草、制定程序。成立了由农业、营养、医学、检验等方面专家组成的食品安全地方标准评审委员会，已制定出具有地方特色的《火锅毛肚》、《火锅鸭肠》两项地方标准，地方食品标准共35项。
甘肃针对风险检测发现的突出问题及时调整定期检验计划，开展专项整治，查处违法违规企业。但是，甘肃有关部门负责人也指出，受人力资源、经费支持、技术水平以及信息沟通等因素制约，食品信息监测和通报网络体系还不能适应发展需求，无论是食品污染物还是食源性疾病的监测调查都还处于起步阶段，对食品安全问题难以做到早发现、早预防、早整治、早解决。
“特别是对非法使用添加物和滥用食品添加剂的行为，缺乏科学有效的监测手段和标准，监管部门职能分工不明确，致使市场上不法商贩趁虚而入，通过制售非食用物质和滥用食品添加剂牟取利益，给人民群众的身体健康和生命安全造成威胁。”甘肃省人大常委会副主任崔玉琴坦言。
“非法添加不是标准问题，而是犯法的问题。就标准来讲，非食品添加剂是不能添加的。标准讲的是添加剂能加多少。在标准制定中，是不应该允许非食品添加剂存在的。”陕西省常务副省长娄勤俭向执法检查组建议说，“要把整治食品生产经营中滥用和非法使用添加剂作为保障食品安全的重要切入点，建立相关生产和使用添加剂国家标准，明确允许使用的食品添加剂的品种和剂量，指导食品生产经营企业及其从业人员规范使用。同时，要进一步加大对食品生产经营中滥用和非法使用添加剂打击和惩处力度。”