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与美国和欧洲一些发达国家相比，日本农业转基因技术的研发虽起步较晚，但进展迅速且不断取得突破性成果，综合研发能力和许多单项技术处于世界前列，已经开发出大量的动植物转基因新品种或新材料。
但另一方面，日本民众对转基因技术的安全性质疑，以及地方政府对转基因产品的生产销售限制极为严格等原因，导致日本农业转基因技术成果的产业化进程缓慢，绝大多数停留在实验室阶段。
技术起步晚发展快
日本国家科学技术会议机构在1976年才第一次举办关于转基因研究的讨论会，开始对国外研究动向和日本如何对待转基因研究进行探讨。至1981年才成立政府机构正式展开相关研究。
但进入新世纪后，日本政府采取多种方式，包括突出重点领域的立项原则，短时间内取得更多具有世界先进水平的技术和知识产权；以转基因技术有效利用为目的进行研发，根据需要明确目标，再凭借自身雄厚科技实力和人才优势，日本将转基因技术水平迅速提升。
这种提升同时体现在基础研发与新成果的涌现上。日本充分利用了水稻基因组研究取得的高度，快速推进农业领域重要基因的功能分析研究，开发出大量具有优良性状和特殊成分的农业转基因育种材料，具备了将转基因技术有效应用于品种改良的基本条件。
然而，作为转基因农作物研究开发主体的国家研究机构，虽然将DNA标识等技术有效应用于品种改良并达到相当水平，但都没有达到产业化开发阶段；而作为转基因基础研究主力的大学，绝大多数转基因技术成果仍停留在学术型成果阶段，还没有真正实现向实用化和商业化的主体转让。
产业化的驱动与阻滞
由于上述原因，尽管日本每年在大量进口饲料和粮油原料等转基因农产品，政府也允许在国内栽培一些符合要求的转基因作物，但据2009年资料显示，除了当年的蓝色转基因玫瑰外，日本国内几乎没有转基因作物的商业栽培。
而日本的企业和地方公立研究机构，大多对转基因技术持消极态度。这些作为实现农业转基因技术实用化和商品化主力的民间企业，总体认为关于转基因技术的诸多规则过于严格、国内市场不接受转基因农作物，看不到转基因研发投资的效益，感到前途悲观，有的中断了相关的研究开发，有的转到国外市场发展。隶属于地方政府的研究机构也大多停止了相关研究。
与此相对的，也有一些企业在从事转基因技术的实用化开发和商业化运作。例如通过将开发的转基因康乃馨在哥伦比亚栽培、运回日本国内市场销售的方式来实现商业化。
日本政府则在推进农业转基因技术产业化上表现积极，主张由政府主导基础研究与实用化开发，创造良好环境，并消除民众疑虑。具体措施包括强化知识产权意识，鼓励并支持大学、研究机构和风险企业等积极申请专利，尤其是在外国申请专利；完善激励机制；强化经营管理和研发人才的培养；同时，采取创办农业转基因技术专门网页、举办咨询会与消费者双向交流沟通等方式提供信息，解疑释惑，以期为产业化创造市场条件。
管理看重“安全”二字
日本政府对农业转基因等生物技术研发支持力度的加强，比较明显地表现在进入新世纪后：2003年，日本颁布了《关于规范转基因生物使用规则、确保生物多样性的法律》，以实现产业化为目的，陆续制定并完善了确保转基因技术安全的制度保障体系；2004年日本食品安全委员会制定《转基因（种子植物）食品安全评估标准》；2007年则成立了“转基因作物研究开发推进研究会”等等。
在对农业转基因技术成果的管理，主要表现在安全方面。包括对农业转基因成果对生物多样性影响的管理；对转基因食品类技术成果的安全管理；对转基因饲料类技术成果的安全管理。
日本还于1999年公布了《转基因食品标识方法》，从2001年开始根据《食品卫生法》和《农林物质标准化及质量标识管理法》，对转基因农产品实行标识制度。
据2009年资料显示，其中必须进行转基因标识的食品种类，在农作物范畴里是食品的安全性已经被确认并在市场上流通的转基因农作物，如大豆、玉米、马铃薯、油菜籽、棉花籽、苜蓿、甜菜；在加工食品里，是转入基因或者转入基因产生的蛋白质仍然残存的食品，如豆腐、过油类食品、纳豆、大酱、谷类快餐、马铃薯糕点、爆米花、马铃薯粉等。
综上可见，在面对世界转基因技术迅速发展、发达国家抢先注册专利以及世界转基因作物栽培面积扩大的势头时，日本政府也开始采取措施，包括强化农业转基因的安全机理研究，加快实用性研发以及促进成果转让等等。日本通过一系列举措建立了较完备的转基因技术成果安全管理体系，但其推进农业转基因技术产业化的脚步，势必行进艰难。
