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不光是蔬菜水果上会有农药残留，很多植物类中药材也会出现这一问题。6月24日，绿色和平组织在其官网上发布的一份名为《药中药》的中药材农药污染调查报告显示，七成中药有农药残留，主要涉及一些植物原药。
生长在地表的部分农残较多。湖北中医药大学临床中药学教授王绪前告诉《生命时报》记者，菊花、金银花等植株的花和茎叶部分较为香甜，容易招虫，因此在种植过程中可能用到农药，地表部分残留农药的可能性较大。三七的根部受影响较小，而三七花容易出现较多农残。
残留不一定超标。王绪前认为，中药材的种植和普通农产品类似，为了防止虫害，减少入药部分植株的损失，合理使用农药可以理解。根据现代毒理学理论，任何物质是否具有毒性都取决于它的摄入剂量，有农残并不代表含量超标。据美国有线电视新闻网（CNN）6月27日报道，香港卫生署建立了获取中草药样本并检测农药和重金属残留的市场监管体系，到目前并未在煎熬出的中药样本里检测出异常。
农残还可能来源于水和土壤。报告中提到，在喷洒的农药中，真正对病虫害起到防治作用的仅占30%，其余的可能残留在大气、土壤和附近水域中，对局部地区的生态造成长期影响。如果该地区在种植其他农作物时使用了农药，中药材也可能受到影响。
临床还未发现因农残引起的问题。报告中提到的药材在临床中用得很多，但王绪前表示，至今还没有关于因此造成健康损害的数据。虽然农药残留一般不会立即对人体造成明显影响，但长期积累也可能出现难以预知的问题。
冲洗可减少农残。为了防止蔬菜农残影响身体健康，不少人会用浸泡、高温烫煮等方法处理，但中药材并不适用此方法。菊花、金银花、三七花等质地疏松，如果长时间浸泡，药材中的有效成分会损失，高温烫煮对其影响更大。王绪前建议大家在使用前将它们用清水冲洗，能减少一部分农残。香港大学农药专家斯蒂芬妮·马博士在接受CNN采访时也提到，水洗和煎药可以大幅减少农残。
生产者和监管者都应重视。报告提到26个样品中发现了甲胺磷、克百威等6种禁止在中药材中使用的农药，这需要引起生产者和监管部门的重视。2012年07月18日，国家食品药品监督管理总局曾发布通知，明确指出"中药饮片、中成药生产企业应保证其使用的中药材来源、产地稳定，加强对重金属及有害元素、农药残留、黄曲霉毒素等安全性指标的检测和控制".如果在种植过程中，采取调控温度和湿度等方法，并逐渐减少化学农药的使用，可以很大程度上减少中药材中的农药残留。