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9月3日，山东省人民政府办公厅印发了《关于印发山东省食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（鲁政办发[2013]23号），规定了新组建的山东省食品药品监督管理局主要职责、内设机构和人员编制规定（以下简称“三定”方案）。
“三定”方案对山东省食品药品监督管理局职能进行了调整，划入和增加职责8项，整合、下放、取消职责6项，对4项职责进行了加强。职能调整后，新组建的省食品药品监督管理局主要承担生产、流通、消费环节的食品安全和药品、医疗器械、化妆品监督管理等10项职责。
根据职能职责调整，省食品药品监督管理局共设16个职能处室，分别是：办公室、综合处、法制处、食品安全协调督查处、食品生产监管处、食品流通监管处、餐饮服务食品监管处、保健食品化妆品监管处、药品注册处、药品生产监管处、药品市场监管处、医疗器械监管处、宣传和应急管理处、科技和标准处、人事处（挂对外交流合作处牌子）和规划财务处，以及离退休干部处和机关党委。
省食品药品监督管理局（挂山东省食品安全委员会办公室牌子）机关行政编制130名，配备食品安全总监、药品安全总监各1名，食品药品稽查专员5名。
“三定”方案还对省食品药品监督管理局与省农业、畜牧兽医、林业、海洋与渔业、卫生、质监、工商、商务、公安、出入境检验检疫等部门的职责分工进行了明确。