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食品药品监督管理体制改革后，吉林省紧跟全国食品药品监管体制改革步伐，逐步完善食品稽查办案机制。2016年，吉林省食品药品监管局办理食品领域行政处罚案件4799件，移送公安机关21件，查处总局配合公安机关“利剑”行动转办食品案件5件。
该局将食品稽查总队与药品稽查总队分离，在全国率先成立省级食品稽查总队。新的工作机制提高了效率、锻炼了队伍、激发了热情、节约了成本，有效调动了稽查执法人员的积极性和主动性。
吉林省局与省政府食药安委成员单位、社会媒体横向联合，充分利用“12331”投诉举报平台实现群众横向监督，打击食品安全违法犯罪成效显著。目前，吉林省局已与省人民法院、人民检察院、公安厅、农委、畜牧局、水利厅、进出口检验检疫局等单位签订合作协议，实现资源共享、信息公开、互利互助。2016年12月，吉林省食品药品安全办牵头，联合省公安厅、人民法院、人民检察院、食品药品监管局出台了《吉林省食品药品行政执法与刑事司法衔接实施细则》，就案件移送、提供认定意见时限、案件管辖权、个案指导等进行了明确规定。同时，定期召开联席会议，建立联合执法办公室。两年来，通过联合执法办公室共办理案件51件，其中移送公安机关受理涉刑案件15件，共抓捕犯罪嫌疑人76人。2016年，吉林全省食品药品监管部门与公安机关、市县稽查部门开展联合执法行动31次，主动破解重大食品案件查办难题，严厉打击食品安全违法犯罪行为。
吉林省局对市州局重大案件的侦办密切关注，在指导案件侦办思路、帮助协调解决困难以及申报大要案补助等方面不遗余力，采取专案组执法人员联合赴属地现场指导办案的方式督导检查重大食品安全案件办理。两年来，吉林省局共向国家申请食品稽查补助经费300万元，全部用于补助属地查处督办案件。
此外，吉林省局还成立了食品药品专家委员会，组织专家磋商会，对市州局无法准确定性的案件进行研讨并出具意见。对需要检验检测结论支撑的重大案件，开辟检验检测绿色通道，免费提供技术支持，优先协助办理。该局每年争取省长资金150万元，作为配合公安机关打击食品安全违法案件检验检测专项经费。2016年，吉林省局指定的省内检验机构出具涉案食品抽样报告213份，有力保障了各级食品药品监管部门稽查办案、抽样送检工作。