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禽流感已成为政府在秋冬时期的棘手问题，本月初双北市屠宰场都发现鸡只染病，紧急销毁屠体，而近来中部地区更屡传有人恶意弃置病死鸡，令人忧心是疫情将爆发的前兆。农民认为，与其砸大钱补偿扑杀，不如补助农民做好禽场围网改善饲养环境。学者则认为，应加强主动监测，及早找出染病禽场，避免疫情扩散。
本月初台北市、新北市各有一处屠宰场的屠检兽医发现场带屠宰的红羽土鸡出现脚部出血潮红等异状，疑似感染禽流感，后经检验证实，感染该批禽只感染H5N8高病原性禽流，屠宰的64件屠体都已销毁，未流入市面。另一方面，近期云林、彰化都发现病死鸡遭不肖人士恶意弃置的情形，可见随着时节已渐渐进入秋天，禽流感疫情已渐渐浮出水面。
感染禽流感的家禽须扑杀，但会给予鸡农补偿费用，根据防检局统计，前年扑杀补偿约15亿1000万，去年为4500万，今年至5月底则为1亿9100万，近3年共17亿4600万，平均每年要花上5.82亿元补偿鸡农。
养鸭协会理事长陈自成表示，若以饲有3000只鸭的养鸭场来看，不论蛋鸭或肉鸭，做好一场的围网工程，连工带料其实几万元就能达成了，扑杀补偿的费用也能用来补助农民建立围网，把禽场生物防治做好，彻底阻绝家禽和候鸟之间的接触，是更有效的方向，如此一来，就算不能根除禽流感，相信发病机率也能大幅降低。
台湾大学兽医专业学院名誉教授赖秀穗表示，一到了秋冬就是禽流感的好发期，要加强防疫还是得仰赖政府加强监控，以及农民自主回报场内疫情。今年初首例H5N6确诊，就是监测人员发现花莲路边有一只死亡小鸭，验出感染后，马上加紧防疫，最后几乎把H5N6消灭，这就显示出防疫人员主动监测的重要，不过防疫人员访视禽场相当费功夫，此时禽农是否能主动通报，将决定防疫成败。
赖秀穗指出，场内禽只只要有一点不正常，禽农一定最早发现，如果能及时对外通报，让防疫人员介入扑灭场内禽只，就能避免疫情扩大，不会影响到周遭其他禽场，但如果禽农只到禽只染病又不通报，甚至为了减少损失，把禽只偷偷送出去场销售，将导致疫情的传播，也是没有公德心的行为。
赖秀穗指出，禽舍若能都做到密闭式或半开放式，就可以阻断场内禽只与候鸟、野鸟接触，是最好的防疫策略，只不过改造禽场的费用可能不低，政府可以考虑适当给予禽农补助，甚至可以加强研究如何改善禽场环境，才是比较实际做法。