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4 、重许可，轻监管产品上市前，审批程序严格，产品上市后，行业监管松。产品鱼目混珠现象严重，因为缺少规范，保健食品大都只能“各领风骚”一两年。
5 、夸大产品功效，失信于民从脑黄金到中华鳖精，从补钙大战到基因食品，保健品热一波接着一波。虚假广告满天飞等，保健品脱离功效来宣传，最终会使它失去卖点。
6、 价格过高，偏离于大众消费水平远离普通人群对保健品的需求和渴望。
7 、科技力度不够表现在主管部门重视不够，科技投入少，专业单薄，缺少综合学科的沟通和联合，导致产品的竞争力不强。
今后在功能食品研发上的主攻方向加强新技术、新工艺在功能食品中的应用如生物技术、膜技术、挤压成型技术、微波技术、冷杀菌技术、超临界升华技术、超微技术、现代分析检测技术等。尤其是引入生物技术，推进功能食品进入深层的研究开发。加强对功能食品有效成分的研究，开展第三代功能食品的研究以当地动植物资源和药食同源中草药资源为主要原料，提取功能有效成分研发具有地方特色的功能产品，争创地方品牌。应利用生物技术和基因工程技术开发，药用植物多糖和真菌多糖。目前，国际科学界视多糖的研究为生命科学前沿领域，甚至提出21世纪是多糖的世纪。多糖类物质是所有生命有机体的重要组成部分，是生物体内除核酸和蛋白质以外的又一类重要的生物分子，尤其是一类重要的信息分子。开展功能性食品配料和食品添加剂的研究功能食品配料是发展第三代功能食品的经济有效的捷径。因为功能食品配料或添加剂大部分都已明确结构和功能。
因此，从某种意义上说，功能食品配料是我们今后一段时间内发展功能食品研究的强大技术支撑。就目前而言，已确定的功能性食品基料主要有：活性多糖、功能性甜味料、功能性油脂、各种氨基酸及肽类、维生素类、矿物元素、微生态调节剂、自由基清除剂、低能量或无能量基料，其他基料有醇、酮、酚类等。利用上述基料开展以下功能食品研究将有很好的市场前景：老年人功能食品，排毒功能食品，中青年人防辐射，抗疲劳功能食品，儿童健脑益智功能食品等。
总之，功能食品已成为当今世界最具有活力的食品加工新领域。随着加工技术、社会环境、市场环境的日趋完善成熟，以及人们生活水平、认知程度的提高，功能食品将是21世纪食品加工业的主流。