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微生物肥料是添加了经过工业化扩繁的活体微生物的肥料，通过微生物的生命活动，使作物增加养分供给量，达到增产的目的。微生物肥料最主要的特点就是里边含有活体的微生物，根据活体微生物的类别、数量以及肥料养分的不同，可以分为微生物菌剂、生物有机肥以及复合微生物肥料三大类。
第一类叫做微生物菌剂，它主要是以有效活菌数作为考量的标准，目前国内普遍应用的菌种有固氮菌、解磷菌、解钾菌，还有枯草芽孢杆菌等；第二类是生物有机肥，考量的标准就是有机质的含量，必须等于或大于25%以上，有效活菌数要等于或大于两千万，这类的产品能将有机肥的作用和生物肥的作用结合到一块；第三类叫做复合微生物肥料，主要考量的标准是氮磷钾的养分要等于或大于25%，它的有效活菌要等于或大于两千万。
过量使用化肥，造成了土壤板结，地力下降，农产品的品质下降，硝酸盐含量增加，间接造成了农产品质量的下降，微生物肥料恰恰可以解决这一点，他通过自身的生命活动产生有机酸，使难容的磷肥钾肥被释放出来，供给作物利用，同时通过微生物的活动改善了植物根系的平衡，改良了土壤的团粒结构，使土壤保水保肥，增加了土壤肥力，这些是化肥所不能比的。
微生物肥料与有机肥相比主要差异在于有效活菌数，有机肥虽然也含一定的有机质，也能起到改良土壤结构的作用，但是没有添加目标微生物，起不到活化土壤、活化固定磷钾的作用，所以，效果不如微生物肥料好。