为解决农产品“卖难”问题，促进农业增效、农民增收、农村发展，商务部2006年启动了“双百市场工程”，重点改造100家大型农产品批发市场，着力培育100家大型农产品流通企业。商务部按照扶优扶强、向中西部地区和东北等老工业基地倾斜的原则，核准了2006年度农产品现代流通体系建设项目414个，其中批发市场项目253个，流通企业项目161个。拨付5亿元资金，重点支持农产品批发市场的质量安全追溯系统、环保等准公益设施和仓储、配送等经营设施建设；重点扶持农产品流通企业的冷链系统和生鲜农产品配送中心建设，推动农产品流通产业化和规模化。
为推进“双百市场工程”，确保项目建设质量，商务部会同有关部门及时出台了扶持政策和配套措施。商务部协助有关市场和企业积极争取金融机构支持，国家开发银行对“双百市场工程”项目提供融资便利并给予利率下浮优惠。商务部会同财政部下发了资金使用管理办法，对质量安全、冷链系统等准公益项目给予直接补贴，对仓储、生鲜配送中心等经营设施建设通过贴息方式予以支持。组织开发了“双百市场工程”信息服务系统，推进政务公开，发挥社会监督作用。制定并印发了项目建设标准与验收规范，部署开展项目验收工作。“双百市场工程”得到地方政府高度重视，已有近20个省市陆续出台了配套扶持政策。
目前，“双百市场工程”已初见成效。首先，调动了农产品批发市场按照国家相关标准实施改造升级和农产品流通企业加快发展连锁经营的积极性。据初步统计，5亿元扶持资金直接带动地方和企业投资超过100亿元。农产品批发市场和流通企业经营环境得到改善，对地方经济发展的促进作用明显增强。商丘市农产品中心批发市场参与“双百市场工程”后，带动农产品生产基地190多万亩，与11.5万余农户建立了利益联结机制，帮助农户年均增收600多元，取得了“兴一个市场，带一批产业，活一方经济，富一方农民”的良好效果。
其次，使城乡居民受益。商务部确定支持的100家农产品批发市场，2005年交易额达2453亿元，占全国亿元以上农产品市场交易总额的三分之一。“双百市场工程”的实施，每年将新增交易额500亿元，增加就业150万人，并使2亿城市居民吃上放心菜。100家农产品流通企业2005年销售食用农产品384亿元，项目建成后每年新增销售额35亿元，经超市销售的食用农产品比例由目前的15%提高到30%，食品安全系数增加，城乡居民身体健康得到更有效的保障。
“双百市场工程”实施不到一年，社会各界给予了广泛关注，普遍认为，“双百市场工程”作为一项惠农利民工程，是帮助农民增收的有效途径，是造福城乡居民的好事，也是推进社会主义新农村建设和构建社会主义和谐社会的一项重要举措。
2007年商务部将继续推进“双百市场工程”。一是加快农产品流通法制建设。重点加强农产品批发环节管理。会同有关部门研究制定农产品批发市场管理办法，明确市场主办者、经营管理者和经销商的职责；规范农产品批发市场交易秩序，保障农产品质量，维护农产品流通及消费安全。二是加强项目验收工作。会同有关部门组成联合检查组，引入科学评估机制，完善项目建设标准和验收规范，对各地验收项目进行抽查，确保项目建设质量。验收项目结果将在商务部等相关政府网站上公布，接受社会长期监督。三是完善配套扶持政策。加强与相关部门协调，继续采取投资补助、财政贴息和税费优惠等措施，支持农产品流通的公益性设施建设；引导金融机构加大信贷支持，吸引社会资金投入农产品流通基础设施建设;鼓励有条件的地方减免农产品流通相关费用。
商务部计划用三年时间，通过中央和地方共同推动，以及重点市场和企业示范，带动完成2000家农产品批发市场的升级改造，使农产品流通成本明显降低，流通环节损耗大幅减少；培育一批符合国家标准、面向国内外市场、现代化的大型农产品批发市场和能够有效带动农产品出口的大型农产品流通企业，初步构建与国际市场接轨的农产品现代流通体系。
