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“物极必反”，当全世界都热衷于大力开发生物燃料产业之时，世人对国际粮食安全的担忧也就渐渐浮出水面。
在美国，目前已经有上百家工厂生产乙醇燃料，2005年，用于生产酒精汽油的玉米占全美产量的12％。2006年，112个酒精燃料工厂共生产了50亿加仑酒精燃料，消耗的玉米数量占全国总产量的20％。到2008年，生产酒精燃料所消耗的玉米数量超过全国总产量的50％，耗费大约1．3亿t玉米。而且有专家测算，到2008年，美国约有30％的粮食被用于生产乙醇，这导致粮食库存大大下降。供给的变化导致食品价格上升在所难免。2008年的一场粮食危机引发了对生物燃料开发影响粮食安全的关注，人们开始争论未来是否应该用大量粮食去“喂养”汽车
在非洲，需要特别关注的是，发展生物燃料也带来了新的争论。人们担心一旦将粮食作物(如玉米、木薯和高粱)用于制造生物燃料，不断增加的粮食消耗量可能会造成非洲主要粮食价格的不断上涨，特别是玉米。由于非洲国家缺乏对粮食价格上涨的应对能力，粮食供给严重不足的问题正在日益恶化。在撒哈拉沙漠以南非洲地区，当地民众所需的食物热量1/3来自木薯。木薯不仅是超过2亿的非洲贫困人口的口粮，也是非洲国家重要的储备粮。
国际货币基金组织也警告说，对生物燃料的需求已经导致玉米和大豆(资讯,行情)价格的上升。世界银行报告也指出，世界粮食价格自2006年至今已经上涨了约20％。粮食价格的上涨除了因为经济发展的因素外，与全球范围发展生物燃料有着千丝万缕的联系。
出路：第二代生物燃料异军突起
日趋严峻的世界粮食形势让以玉米、小麦等粮食作物作为生产原料的第一代生物能源渐失优势，遵循不“与粮争地”，不“与人争食”路线的第二代生物燃料，正成为未来生物能源产业发展的方向。
中国科学技术发展战略研究院研究员赵刚介绍说，第二代生物燃料以非粮作物乙醇、纤维素乙醇和生物柴油等为代表，原料主要使用非粮作物，秸秆、枯草、甘蔗渣、稻壳、木屑等废弃物，以及主要用来生产生物柴油的动物脂肪、藻类等。由此可见，第二代生物燃料与第一代最重要的区别之一，就在于是否以粮食作物为原料。
中国是一个粮食消耗大国，保障粮食安全一直是关乎国计民生的头等大事。因此，用粮食“喂养”汽车显然断不可行。但第二代生物燃料技术的出现却为我国大力发展替代能源提供了可能。
中国的作物秸秆年产量可达6亿—7亿吨。全球最大的工业酶制剂生产企业丹麦诺维信公司中国区总裁柯铭因此表达了他对中国市场的乐观。他说，中国收集农作物废料的人力成本具有巨大竞争力，且发展以秸秆为原料的第二代生物燃料还有利于农民的增收和农村经济的发展。他认为：“中国很可能在全球范围内率先实现第二代生物燃料的大规模生产和推广。”