为有效控制水稻“小粒翘穗”发生危害，扬州大学农学院和江苏省种子站承担了省农业三项工程“水稻‘小粒翘穗’成因与防治技术应用”项目，经过三年多试验研究，已取得初步成果。
一是明确了不良种源是引发水稻“小粒翘穗”的主要因素；二是排除了怀疑产生“小粒翘穗”的可能诱因；三是明确了用具有杀线虫作用的药剂浸种对控制“小粒翘穗”发生有防效。根据研究成果，近两年江苏省切断病区种源，大力推广药剂浸种等综合防治措施，“小粒翘穗”发生面积逐年下降，２００４年基本未发生危害。
据悉，“小粒翘穗”是江苏省水稻生产中出现的新问题。近年来，苏中及淮北部分粳稻地区每年都有不同程度的发生，最严重的２００２年超过１００万亩，导致水稻减产１０％－３０％，严重田块减产５０％以上，直接影响水稻生产和农民增收。
