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“国际上转基因农作物整个评价过程一般需要8年左右，转基因食品是有史以来评价最透彻、管理最严格的食品。凡是经过政府批准上市的转基因食品均是安全的，中国也不例外。” 孔祥智表示。
转基因作物已经在美国种植了20多年，但是却没有出现反对转基因食品的人所预期的后果。在1997年前，欧盟对转基因技术还是比较开放的。但之后，随着美国转基因农产品对欧盟的冲击，欧盟的政策开始收紧，从1999年起就没有再批准任何转基因作物和食品上市，并开始制定统一的转基因作物和食品上市法规。
“欧盟后来态度转变的实质并不是他们认为转基因食品的安全性存在问题，而是贸易保护与竞争方面的角逐。” 孔祥智指出。
焦点二：转基因水稻是否带来生态灾难
人们关于转基因作物的另一个质疑，是对于生态安全的影响。比如，拥有外源基因的水稻，可能会将本来不属于水稻的基因传递给野生的水稻。
复旦大学生命科学学院的博士生导师卢宝荣曾经发表学术论文，指出转基因水稻会将这些基因遗留田间，并“污染”野生水稻。
张启发院士在邮件中回应：“野生水稻在我国属于濒危资源，除江西、广东、广西、云南等少数省份有国家建立的野生水稻专门保护圃外，我国已基本上没有自然状态下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然传播难以超过1米的距离。两种因素加在一起，转基因水稻的基因不可能飘移（请注意：飘移，不是污染）到野生水稻。”
同时，他还提供了另一个与转基因有关的“翻案”故事：墨西哥玉米“基因污染”事件是用以攻击转基因作物的“伪事件”之一。Quist和Chapela于2001年11月在《自然》发文称在墨西哥南部2000年种植的地方品种中检测到转基因(该地自1998年就禁止种植转基因玉米)。该文引起轰动，也受到广泛的关注与批评。《自然》于2002年4月11日载文2篇，批评该文的结论是对不可靠的实验结果的错误解释。同期发表编辑部申明：该文所提供的证据不足以发表。
朱祯介绍，今天的水稻制种过程非常严格。即使是非转基因的水稻，也几乎都是杂交稻，在制种过程中，严格控制不同花粉的传入；而转基因在控制种质单纯性的操作上和传统育种一样严格。
还有人指出，转基因水稻将带来更多的次生虫害。
对此，中央民族大学生命与环境学院教授、首席科学家薛达元认为，次生虫害问题，受多种因素影响。根据他的调查，长江流域的次生虫害要高于黄河流域，这主要是气候的影响，南方温度、湿度与北方有较大差异，次生虫害也有差异；有些年份雨水特多或气温极端，也会引起次生虫害的大发生。黄大昉和朱祯都表示，他们现在正在研制针对次生虫害的基因和其他防治方法。
中国农业科学院植物保护研究所所长兼植物病虫害生物学国家重点实验室主任、研究员、国家转基因生物安全委员会委员、中国农科院植保所研究员吴孔明告诉《北京科技报》记者，次生虫害的问题，并不是转基因水稻本身的问题，而是和人们某些操作改变有关。比如棉田里的害虫有几百种，曾经用农药处理，主要害虫棉铃虫死了，其他虫也死了；现在用转基因水稻止住了棉铃虫，打药少了或者不打药，次生虫害当然出来了，但是比主要虫害轻。而且，完全可以通过其他方法遏制。
焦点三：转基因水稻是否威胁国家粮食安全
不久前，某知名经济学家对媒体谈到美国孟山都的转基因战略对我国粮食安全将构成巨大威胁。中国批准转基因水稻的规模化生产，可能会落入到这些跨国巨头的陷阱之中，因为转基因稻米中含有多项外国公司的技术专利，而且转基因稻米不能“留种”，这样跨国公司就可能从根本上控制中国的粮食生产，中国农民的生产利润流入外国跨国集团，国家的命脉受制于人，从而给中国的农业经济安全带来巨大的威胁。在很多人看来，孟山都的权谋也涵盖了转基因水稻。
但是中国人民大学农业与农村发展学院副院长孔祥智并不支持这一看法，他告诉记者，中国获得批准的转基因水稻只要实验效果良好，然后大规模地进行推广，就可以迅速保证转基因水稻在国内市场的主导地位，来自美国等一些发达国家的跨国农业公司巨头也很难撼动这种主体地位。
“目前中国的农业科研是国家科研体制，在转基因水稻的研究方面，只要获得了国家政策方面的支持，相关科研就可以迅速走向世界前沿。中国在转基因抗虫棉方面就是一个很好的例子，经过多年的发展，目前我们的国产转基因抗虫棉已经被视为中国转基因作物的杰出代表，并成为世界上第二个拥有转基因抗虫棉自主知识产权的国家。中国在和美国跨国公司的转基因抗虫棉的生物技术竞争方面不仅没有被打败，反而产生了一些领先于世界的技术。在未来的转基因水稻领域，中国同样也会如此。” 孔祥智说。
对于这个问题，从事转基因水稻研究20多年的朱祯研究员坦然告诉本报记者：转基因水稻的整个工艺，不完全是我国的技术。但是这不是阻碍我国发展转基因水稻的原因，因为这个问题不是我国的问题，孟山都这样的公司也会从别的公司购买专利。
“在全球化的今天，我不能想象一个复杂项目中，所有的技术都是一个开发商自主研究成功。就像生产计算机、汽车等产品一样，知识产权不全在我们手里，我们就不生产了吗？”朱祯说，“更何况，转基因水稻涉及的外国技术，有些已经过时，有些根本就没有在中国注册。在所有高新技术中，转基因是我国跟国外差距最小的一种，甚至在转基因水稻方面，我国相对领先，“关键是要不要发展，如果要，那么有问题，也是可以解决的。”
有人说“水、土、肥、种、密、保、管、工”八个粮食产量的影响要素中，“种”只是其中一个，不要那么强调其重要性，朱祯认为，“种”对粮食产量的提高，作出了50％的贡献。