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5.2厂房区隔
5.2.1凡使用性质不同之场所如原料仓库、材料仓库、原料处理场、腌渍池、干燥室（机）、内包装室、外包装室、成品仓库等应个别设置或加以有效区隔。
5.2.2凡清洁度区分不同（如清洁、准清洁及一般作业区）之场所，应加以有效隔离（如表1）。5.2.3干燥场及包装室应与高湿度作业场所隔离。
5.2.4原料仓库和成品仓库应隔离，干燥成品仓库应保持清洁干净。
5.3厂房结构
厂房之各项建筑物应坚固耐用、易于维修、维持干净，并应为能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染（如有害动物之侵入、栖息、繁殖等）之结构。
5.3.1日晒场
5.3.1.1日晒场设置地点应适当，四周无尘土飞扬及污染源，如化学厂、农药厂、垃圾处理场等。
5.3.1.2日晒场地面应以水泥铺设，以避免尘土飞扬、杂草丛生。
5.3.1.3日晒场地面应具有斜度，且排水良好，以防止积水、孳生有害动物。
5.3.1.4日晒场之成品若为去核、切割或供人直接食用者，日晒场四周及上方应围绕纱网，防止有害动物之侵入，最好构筑透光性及防护良好之日晒场，以确保安全卫生。
5.3.1.5日晒时干燥物应置于与地面相隔之晒架或晒盘，避免干燥物直接接触地面。
5.4安全设施
5.4.1厂房内配电必须能防水。
5.4.2电源必须有接地线与漏电断电系统。
5.4.3高湿度作业场所之插座及电源开关宜采用具防水功能者。
5.4.4不同电压之插座必须明显标示。
5.4.5厂房应依消防法令规定安装火警警报系统。
5.4.6在适当且明显之地点应设有急救器材和设备，惟必须加以严格管制，以防污染食品。
5.5地面与排水
5.5.1地面应使用非吸收性、不透水、易清洗消毒、不藏污纳垢之材料铺设，且须平坦不滑、不得有侵蚀、裂缝及积水。
5.5.2制造作业场所于作业中有液体流至地面、作业环境经常潮湿或以水洗方式清洗作业之区域，其地面应有适当之排水斜度（应在1/100以上）及排水系统。
5.5.3废水应排至适当之废水处理系统或经由其它适当方式予以处理。
5.5.4作业场所之排水系统应有适当的过滤或废弃物排除之装置。
5.5.5排水沟应保持顺畅，且沟内不得设置其它管路。排水沟之侧面和底面接合处应有适当之弧度（曲率半径应在3公分以上）。
5.5.6排水出口应有防止有害动物侵入之装置。
5.5.7屋内排水沟之流向不得由低清洁区流向高清洁区，且应有防止逆流之设计。
5.6屋顶及天花板
5.6.1制造、包装、贮存等场所之室内屋顶应易于清扫，以防止灰尘蓄积，避免结露、长霉或成片剥落等情形发生。管制作业区及其它食品暴露场所（原料处理场除外）屋顶若为力霸等易藏污纳垢之结构者，应加设平滑易清扫之天花板。若为钢筋混凝土构筑者，其室内屋顶应平坦无缝隙，而梁与梁及梁与屋顶接合处宜有适当弧度。
5.6.2平顶式屋顶或天花板应使用白色或浅色防水材料构筑，若喷涂油漆应使用可防霉、不易剥落且易清洗者。
5.6.3蒸汽、水、电等配管不得设于食品暴露之直接上空，否则应有能防止尘埃及凝结水等掉落之装置或措施。空调风管等宜设于天花板之上方。
5.6.4楼梯或横越生产线的跨道之设计构筑，应避免引起附近食品及食品接触面遭受污染，并应有安全设施。
5.7墙壁与门窗
5.7.1管制作业区之壁面应采用非吸收性、平滑、易清洗、不透水之浅色材料构筑（但密闭式发酵桶等，实际上可在室外工作之场所不在此限）。且其墙脚及柱脚（必要时墙壁与墙壁间、或墙壁与天花板间）应具有适当之弧度（曲率半径应在3公分以上，如图1）以利清洗及避免藏污纳垢，惟干燥作业场所除外。
5.7.2作业中需要打开之窗户应装设易拆卸清洗且具有防护食品污染功能之不生锈纱网，但清洁作业区内在作业中不得打开窗户。管制作业区之室内窗台，台面深度如有2公分以上者，其台面与水平面之夹角应达45°以上（如图2），未满2公分者应以不透水材料填补内面死角。
5.7.3管制作业区对外出入门户应装设能自动关闭之纱门（或空气帘），及清洗消毒鞋底之设备（需保持干燥之作业场所得设置换鞋设施）。门扉应以平滑、易清洗、不透水之坚固材料制作，并经常保持关闭。
5.8照明设施
5.8.1厂内各处应装设适当的采光及（或）照明设施，照明设备以不安装在食品加工在线有食品暴露之直接上空为原则，否则应有防止照明设备破裂或掉落而污染食品之措施。
5.8.2一般作业区域之作业面应保持110米烛光以上，管制作业区之作业面应保持220米烛光以上，检查作业台面则应保持540米烛光以上之光度，而所使用之光源应不致于改变食品之颜色。
5.9通风设施
5.9.1制造、包装及贮存等场所应保持通风良好，必要时应装设有效之换气设施，以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生，并保持室内空气新鲜。易腐败即食性成品或低温运销成品之清洁作业区应装设空气调节设备。
5.9.2在有臭味及气体（包括蒸汽及有毒气体）或粉尘产生而有可能污染食品之处，应有适当之排除、收集或控制装置。
5.9.3管制作业区之排气口应装设防止有害动物侵入之装置，而进气口应有空气过滤设备。两者并应易于拆卸清洗或换新。
5.9.4厂房内之空气调节、进排气或使用风扇时，其空气流向不得由低清洁区流向高清洁区，以防止食品、食品接触面及内包装材料可能遭受污染。
5.9.5脱水处理场之脱水设备出口之湿气应排至室外。
5.10供水设施
5.10.1应能提供工厂各部所需之充足水量、适当压力及水质之水。必要时，应有贮水设备及提供适当温度之热水。
5.10.2贮水槽（塔、池）应以无毒，不致污染水质之材料构筑，并应有防护污染之措施。
5.10.3食品制造用水应符合饮用水水质标准，非使用自来水者，应设置净水或消毒设备。
5.10.4不与食品接触之非饮用水（如冷却水、污水或废水等）之管路系统与食品制造用水之管路系统，应以颜色明显区分，并以完全分离之管路输送，不得有逆流或相互交接现象。
5.10.5地下水源应与污染源（化粪池、废弃物堆置场等）保持15公尺以上之距离，以防污染。
5.11洗手设施
5.11.1应在适当且方便之地点（如在管制作业区入口处、厕所及加工调理场等），设置足够数目之洗手及干手设备。必要时应提供适当温度之温水或热水及冷水并装设可调节冷热水之水龙头。
5.11.2在洗手设备附近应备有液体清洁剂。必要时（如手部不经消毒有污染食品之虞者）应设置手部消毒设备。
5.11.3洗手台应以不锈钢或磁材等不透水材料构筑，其设计和构造应不易藏污纳垢而易于清洗消毒。
5.11.4干手设备应采用烘手器或擦手纸巾。如使用纸巾者，使用后之纸巾应丢入易保持清洁的垃圾桶内（最好使用脚踏开盖式垃圾桶）。若采用烘手器，应定期清洗、消毒内部，避免污染。
5.11.5水龙头应采用脚踏式、肘动式或电眼式等开关方式，以防止已清洗或消毒之手部再度遭受污染。
5.11.6洗手设施之排水，应具有防止逆流、有害动物侵入及臭味产生之装置。
5.11.7应有简明易懂的洗手方法标示，且应张贴或悬挂在洗手设施邻近明显之位置。
5.12洗手消毒室
5.12.1管制作业区之入口处宜设置独立隔间之洗手消毒室。
5.12.2室内除应具备5.11规定之设施外﹐并应有泡鞋池或同等功能之鞋底洁净设备，惟需保持干燥之作业场所得设置换鞋设施。设置泡鞋池时若使用氯化合物消毒剂，其有效游离余氯浓度应经常保持在200ppm以上。
5.13更衣室
5.13.1应设于管制作业区附近适当而方便之地点，并独立隔间，男女更衣室应分开。室内应有适当的照明，且通风应良好。即食性成品工厂之更衣室应与洗手消毒室相近。
5.13.2应有足够大小之空间，以便员工更衣之用﹐并应备有可照全身之更衣镜、洁尘设备及数量足够之个人用衣物柜及鞋柜等。
5.14仓库
5.14.1应依原料、材料、半成品及成品等性质之不同，区分贮存场所，必要时应设有冷（冻）藏库。
5.14.2原材料仓库及成品仓库应隔离或分别设置，同一仓库贮存性质不同物品时，亦应适当区隔。
5 .14.3仓库之构造应能使贮存保管中的原料、半成品、成品的质量劣化减低至最